В эпоху Средневековья господствовало религиозное мировоззрение, исповедание определенной религии являлось гражданской обязанностью. В тот период свобода совести не выступала как право свободно определять свое отношение к религии, религиозная нетерпимость достигала своего апогея. Все выступления против насилия над убеждениями людей жестоко подавлялись церковью, а инакомыслящие подвергались преследованию. Особое внимание церковь уделяла борьбе с идеями свободы совести, сводимыми к требованию свободы вероисповедания, что отождествлялось клерикалами с богохульством и безбожием. В этом плане выделялась инквизиция католической церкви, которая была учреждена в Европе папством в XIII в. для подавления антикатолического и антирелигиозного движений. По отдельным источникам общее количество жертв инквизиции составило 9–12 млн человек (57, с. 65–100).

Сохраняя за собой положение господствующей религии, католическая церковь в католических странах подчинилась власти абсолютной монархии, обратившей религию и церковь на служение своей цели. Ввиду этого станет ясным, почему борьба с Римом не мешала ревностным католическим королям вести еще более деятельную борьбу с еретиками. Каких пределов достигало озлобление, когда к политическим интересам примешивался еще элемент религиозных разногласий, показывает эпоха короля Генриха VIII и Кровавой Марии. Первый выступал против папистов, а другая – против сторонников Англиканской Церкви. В период Средних веков нигде на континенте церковь не была в такой зависимости от государственной власти, как в Англии. Ни один французский король не был таким злым деспотом в отношении к церкви и духовенству, как Людовик XIV, но это не мешало ему в то же время отменить Нантский эдикт и обращать еретиков в католическую веру с помощью ссылок и казней. В Испании суд над еретиками был учреждением государственным, а не церковным. Наконец, немецкие князья, оставаясь верными католицизму, обратили против протестантов принцип «cuis regio, ejus religio» (чья страна, того и вера); казни еретиков, конфискация имущества, разрушение церквей и, как милость, высылка за пределы государства были обычными средствами в период контрреформации, возврата к католичеству, но, конечно, не к прежней церковно-политической системе (403, с. 116–117).

Воззрение Августина с течением времени стало господствующим в Средние века и легло в основу тех кровавых гонений, которые достигли своего апогея в ужасах испанской инквизиции. Подавленная этим учением, а также учением последующих отцов церкви, Фомы Аквинского (по его учению еретики должны подвергаться всяким принудительным мерам и, в крайнем случае, должны быть сожжены) и других средневековых авторитетов идея религиозной свободы, бывшая в сознании христиан первых веков, затерялась и заглохла в Средние века. Позже она появилась снова, но уже в узкой и слабой форме протеста против права церкви прибегать к мерам внешнего принуждения (256, с. 40).

Таким образом, идея религиозной свободы в Средние века исторически возникла из той реакции против абсолютизма духовной власти, которая поднялась в это время и вызвала защиту прав светской власти. В зависимости от конкретно-исторической ситуации она проявлялась в форме радикальных оппозиционных социально-политических движений, выступавших с идеями антиклерикализма и секуляризма. В IX в. один из крупнейших мыслителей Средневековья ирландец Иоанн Скот Эриугена (810–877 гг.), опираясь на авторитет Библии, отстаивал идею независимости мировоззренческих представлений от установок церковных властей. В IX в. знаменитый французский богослов П. Абеляр обосновал право личности на свободное толкование священных текстов, призывал к взвешенному отношению к авторитету церкви в делах веры. Один из самых видных мыслителей Италии Иоахим Флорский (1132–1202 гг.) в XII в. предполагал, что в 1260 г. почитание Бога станет совершенно свободным, не предписанным никакими властями и никакими документами. Ярким представителем независимых мировоззренческих представлений являлся Эйке фон Репков (1180 – после 1233 гг.), который в выдающемся памятнике юридической мысли Германии XIII в. «Саксонское зерцало» осуждает любое проявление несвободы по отношению к человеку, провозглашает принцип светской власти и отмечает, что «отлучение от церкви не должно быть поводом лишения жизни или ущемления существующих норм права» (296, с. 430). Известно, что на «Саксонское зерцало» опирались революционные движения масс в Германии, например, во время Крестьянской войны 1525 г.