В 1798 году Святейший Синод утвердил новый устав духовных школ. В нем детально определялась структура учебного плана, вводились краткая история Церкви, герменевтика, систематическая догматика и апологетика; предписывалось чтение Библии с разъяснением трудных мест, предлагалось ввести в обязательном порядке написание диссертаций для заканчивающих философский класс и произнесение публичных проповедей для учащихся в богословском классе, а также проведение в духовных академиях дважды в год публичных диспутов на философские и богословские темы. Словом, русские духовные школы поднимались на более высокий уровень. Василий Дроздов не успел вкусить и крох от этих нововведений. «В Коломенской семинарии учился я до класса философского, – вспоминал он сам позднее, – наставником по этому классу был такой человек, которого скудость мог постигнуть и ученик даровитый».

В 1799 году Коломенская епархия была упразднена. Коломенский епископ Мефодий (Смирнов) был переведен в Тулу, туда же перевели и семинарию. Однако ученикам Коломенской семинарии было разрешено завершить свое образование в московских духовных школах.

В те годы в Москве имелась Славяно-греко-латинская академия, располагавшаяся на Никольской улице вблизи Кремля; семинарии же были в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре и в Николо-Перервинском монастыре. Василию захотелось учиться в Москве, большой город манил его своими необъятными возможностями. Имелась и надежда на помощь родных: брат деда Никиты Афанасьевича протоиерей Александр служил в Успенском соборе Московского Кремля. Решение оставалось за отцом будущего святителя иереем Михаилом. Он же рассудил, что для надежного благоустроения первенца лучше определить его под защиту преподобного Сергия. Правда, в Сергиевом Посаде у Дроздовых не имелось ни родных, ни знакомых, так что возможны были сложности и трудности в устроении быта юноши: казеннокоштные семинаристы содержались дурно, им приходилось выполнять разные работы. Отец обещал Василию, что поможет ему прожить на свой кошт.

Имелась еще одна важная причина, по которой иерей Михаил Дроздов сделал свой выбор в пользу Троицкой семинарии. Московский митрополит Платон (Левшин) уделял большое внимание семинарии. Он поставил там образование на высокий уровень, сравнимый с уровнем Киевской духовной академии: в Троицкой семинарии постепенно освобождались от оков схоластики, солидно было поставлено изучение древних и новых языков; владыка ввел в семинарии особый, патриархальный уклад жизни, сближавший учителей и учеников; грубые нравы смягчились, было дозволено даже создать семинарский оркестр, ставились спектакли духовного содержания; владыка сам частенько посещал лекции и знал всех семинаристов в лицо, отличникам платил стипендию из своего кармана, и такие семинаристы получали добавление к фамилии – Платонов.

Свято-Троицкая Сергиева Лавра. Сер. XIX в.

5 марта 1800 года в Лаврское семинарское правление было подано прошение о зачислении студента философского класса Коломенской семинарии Василия Дроздова в Троицкую духовную школу. Судьба готовила юноше нелегкое испытание: его приняли в семинарию, но в уже завершенный им класс философии, невысоко ставя полученные им в Коломне знания. Иерей Михаил, зная способности и уровень познаний сына, счел это несправедливым и предложил его проэкзаменовать. На экзамене Василий дал вполне удовлетворительные определения философских категорий. Тогда задали ему написать сочинение на тему о врожденных идеях. «На это ничего не мог бы я отвечать по урокам своего прежнего наставника, – вспоминал митрополит Филарет позднее, – но, роясь, когда учился в Коломне, в книгах своего отца, читал я учебник по философии Винклера. Там я получил об этом вопросе некоторое понятие. И моим ответом были довольны».