Принимая многое доброе из западной науки, иеромонах Филарет чутко примечал идущие оттуда вредные влияния. Многознающий Игнатий Фесслер стал проповедовать в духовной академии идеи мистические, близкие к пантеизму, фактически отрицая Церковь Христову. Удалить его из академии оказалось возможным лишь в июне 1810 года, когда в своем конспекте о древней истории Восточной Церкви он описал православное богослужение состоящим из «двух элементов: лирического и драматического». Позднее удалили преподавателей французского языка де Бое и немецкого языка Отто Смольяно: первый распространял среди студентов идеи католичества, а второй – протестантизма. Курсы Фесслера передали Дроздову, курсы иностранных языков – другим русским преподавателям.

Труды в академии занимали почти все время Дроздова, это и утомляло, и радовало его. Он постепенно вырабатывал свой образ жизни – вечного труженика, занятого с рассвета до заката. Без сомнения, он уделял много внимания и своей внутренней монашеской жизни. В этом ему надежным наставником служил святой Григорий Богослов, писавший полторы тысячи лет назад, но будто обращаясь к нему сегодня: «Желаю также, чтобы ты богател одним Богом, а целый мир почитал всегда наравне с паутинными тканями».

Однако жизнь устраивалась вопреки тем планам, что он лелеял в обители преподобного Сергия: вместо тишины и покоя почти деревенской монашеской обители – хлопотливая и шумная суета в центре столичной жизни, вместо степенного служения у мощей преподобного и одной-двух лекций в семинарии – выматывающее силы составление совершенно новых курсов, вместо тесного круга троицких иноков и старца-митрополита – косые взгляды завистников, ехидные отзывы и тайные наветы недоброжелателей.

В столице, вблизи царя и центра церковной власти, он оказался в обстановке накаленного честолюбия, беспрестанной лести и угодничества, влиявших и на церковную жизнь. Конечно же, это тяготило его, временами порождало скорбные мысли и уныние. Его иноческий путь, видевшийся прямым и открытым, оказывался очень непростым, требовал осторожности, внимания, сдержанности.

Он изливал свои переживания и чувства в письмах, помня, впрочем, о перлюстрации корреспонденции почтовыми чиновниками и полагаясь более на оказии.

«Любезнейший друг и брат! – писал Дроздов священнику Григорию Пономареву 5 января 1811 года, – Почти терял я надежду что-нибудь знать о тебе. Перемена состояния, имени, жилища закрыла меня от тебя; я, сжегши твои письма при торопливом отъезде из Сергиевой Лавры, позабыл, как надписывать к тебе письма… Наконец письмо твое сверх чаяния мне тебя возвратило. Суди посему о радости, с какою я получил оное… К здешней жизни я не довольно привык и едва ли когда привыкну более. Вообрази себе место, где более языков, нежели душ, где надежда по большей части в передних, а опасение повсюду, где множество покорных слуг, а быть доброжелателем почитается неучтивым, где роскошь слишком многого требует, а природа почти во всем отказывает, – ты согласишься, что в такой стихии свободно дышать могут только те, которые в ней или для нее родились. Впрочем, есть люди, которых расположениями я сердечно утешаюсь…»

30 июня 1811 года Император Александр Павлович пожаловал иеромонаху Филарету Дроздову наперсный крест с изображением Спаса Нерукотворного, обложенным 32 бриллиантами, 16 топазами и 230 малыми рубинами. Уже через несколько дней, 5 июля 1811 года, иеромонах Филарет был возведен в сан архимандрита, 11 марта 1812 года назначен ректором Санкт-Петербургской духовной академии, а 27 марта высочайшим указом определен настоятелем Юрьевского монастыря вблизи Новгорода, одной из старейших монашеских обителей.