Вятский святитель принимал активное участие в общецерковной жизни, имел духовное общение с подвижниками своего времени, в частности в числе 16 архиереев, участвовал в епископской хиротонии свт. Митрофана Воронежского и неизменно пользовался уважением столичных властей. Архиепископ Платон (Любарский) так писал об этом: «Милость государя и Святейшаго Патриарха по жизнь свою носил неизменно; почему часто от них призываем был в Москву как для соборных деяний, так и для согласия в некоторых церковных установлениях; оттуда возвращался всегда снабден царскою и патриаршею милостию, с различною для соборной своей церкви драгою утварью и данными по просьбам его для дому архиерейского, монастырей, церквей грамотами» (24, С. 166).
Между тем в самом Хлынове труды вятского архипастыря нередко натыкались на сопротивление местных воевод и земских старост, пытавшихся незаконно вмешиваться в дела архиерея и захватить часть церковных владений. Дошло до того, что в 1681 г. в Хлынове были убиты подьячий Архиерейского дома Василий Селиванов и келейник владыки Дмитрий Васильев, приехавший с владыкой из Тихвинского монастыря. Преступники были найдены и наказаны, но пять лет спустя, когда в Хлынов был назначен новый воевода стольник А. И. Леонтьев, делу был дан новый ход. Леонтьев по каким-то причинам невзлюбил архиерея, называл его «чернецом», перестал ходить в храм даже на «государски праздники» и, чтобы досадить владыке, обвинил в гибели келейника его племянника Никиту Тугаринова (14, С. 218—219). Преосвященному Ионе пришлось искать защиты у царей Иоанна V и Петра I, которые решили этот конфликт в пользу Церкви и урезонили хлыновского воеводу, повелев ему «в духовность ни во что не вступатца». Причем не только на Вятке, но в других землях – царский указ от 25 сентября предписывал разослать такие же грамоты в другие города «ево братье иным архиереом» (РГАДА. Ф. 233. Оп. 1. Д. 285. Л. 356 об.-357 об.).
Последние годы жизни архиепископ Иона болел. Чувствуя приближение кончины, он сам определил место своего погребения в ризнице Свято-Троицкого кафедрального собора, на правой стороне, у стены, и приготовил гробницу, о которой «Росписи келейным предметам и вещам архиепископа Ионы», сделанной за три года до его кончины, сообщается, что для архиерея устроен «гроб… и выкладен кирпичом, и покрыт камнем» (29, С. 211).
8 (21) октября 1699 г. архиепископ Иона преставился ко Господу. Примечательно, что это произошло в день памяти прп. Трифона Вятского, для прославления которого так много сделал вятский святитель. В своем «Духовном завещании», которое не раз публиковалось и стало широко известно не только на Вятке, но и всем нашем Отечестве, архиепископ Иона воздавал хвалу Богу, призвавшего его к трудам по устроению Вятской епархии. При этом любовь деятельного и требовательного владыки была настолько велика, что простиралась не только на его верных соработников, но также на тех современников, которые, по правилам Святых Апостолов, были запрещены им в служении или не допущены к Святому Причастию и так, не получив архиерейского разрешения, скончались. Святитель Иона писал, что прощает всех и будет просить Милостивого Бога вселить их в селении праведных, вместе со святыми (3, С. 14—22).
В 1771 г. над захоронением архиепископа Ионы в Свято-Троицком Кафедральном соборе было устроено надгробие, эпитафия на котором свидетельствовала о почитании почившего архипастыря православным народом: