Для заключенных, представляющих особую важность, прописывались условия содержания – вид помещения, качество пищи, количество рюмок вина и пр.[133] Так, 1 июля 1719 г. генерал-губернатор инструктировал коменданта: «Его царское величество указал швецкого секретаря Дибека с ево людьми иметь за обыкновенным арестантом караулом. Того ради предлагаю вашей милости, когда оной ис Коллегии иностранных дел прислан к вам будет, тогда извольте ево приказать, приняв, и держать за помянутом караулом в гварнизоне»[134]. В Санкт-Петербургском гарнизоне не только содержали преступников, но и исполняли наказания. 18 января 1718 г. были освобождены из-под караула три человека – комиссар князь А. Елецкий, сенатской роты капрал И. Ерепев, адмиралтейской крепости отставной канатного дела подмастерье П. Кречетов. Последнего приказывалось за непристойные речи бить батогами нещадно в гарнизонной канцелярии[135]. Стоит оговориться, что именно в Санкт-Петербургской крепости разворачивались события дела царевича Алексея. В ее казематах были заточены обвиняемые, наиболее значимые фигуранты дела, тут же велось следствие, проводились допросы и т. д.[136]

Для ведения делопроизводства и помощи коменданту в Санкт-Петербургской крепости числились различного ранга канцеляристы, которые формировали штат Санкт-Петербургской гарнизонной канцелярии[137]. Служащие канцелярии занимались сбором статистической информации о численности и составе гарнизонных полков, учитывали количество мундиров, оружия и провианта, считали приход и расход средств, составляли реестры, ведомости и табели[138]. Как и в других государственных учреждениях, в Санкт-Петербургской гарнизонной канцелярии велись записные книги, в которых по хронологии обозначались документы, поступавшие в канцелярию, события, происходившие в гарнизоне, и мероприятия, проводимые комендантом и/или гарнизонными военными формированиями. Канцеляристы составляли регулярные рапорты о том, что исполнено или не исполнено по полученным указам и ордерам[139]. Через канцелярию, кроме того, проходила официальная и неофициальная переписка Я. X. Бахмеотова – все письма и доношения коменданта были написаны канцелярскими служащими, сам он ставил только подпись, имя и фамилию внизу документа. В Гарнизонную канцелярию приходили указы Петра I, ордеры генерал-губернатора А. Д. Меншикова и постановления Военной коллегии, касающиеся функционирования Санкт-Петербургской крепости. Также во время отсутствия генерал-губернатора в Санкт-Петербурге тут же поступала предназначавшаяся для него документация, которая затем пересылалась комендантом к князю[140]. В стены Санкт-Петербургской крепости был перенесен архив обер-коменданта Р. В. Брюса после его смерти в 1720 г.[141]

Поскольку Санкт-Петербургская гарнизонная канцелярия постоянно испытывала недостаток в квалифицированных кадрах, Я. X. Бахмеотов заботился о пополнении штата канцелярских работников, занимался их материальным обеспечением[142]. В корреспонденции коменданта регулярно встречаются просьбы о выдаче жалованья[143], одна из которых, к примеру, касалась приравнивания окладов гарнизонных канцеляристов к служащим Военной коллегии[144]. Нередко случалось, что канцелярские служащие вовсе не получали жалованья на протяжении нескольких месяцев – явление, характерное для большинства канцелярий и административных учреждений петровского времени. В сентября 1723 г. Я. X. Бахмеотов сообщал А. Д. Меншикову: «А в гварнизонной канцелярии обретаетца приказных людей токмо секретарь один, канцеляристов два, копиист один, писарей два, да и те Его императорского величества денежнаго и хлебнаго жалованья не токмо на нынешней 1723 год, но и на прошлой год, едва не на половину года, за недостатком в той канцелярии денежные казны не получали, и от того пришли в великую нищету и питатца им без жалованья нечем»