Удачная дипломатическая миссия боевого генерала показала, что его можно смело привлекать к решению различных государственных проблем и польза от этого будет весьма весомая. В карьере Кутузова происходит новый поворот: 15 сентября 1794 г. его – генерала-поручика – определяют Главным директором закрытого военно-учебного заведения для дворянских детей от 13 до 18 лет – Сухопутного кадетского корпуса в Петербурге (по меткому выражению самой государыни-«матушки», «рассадника воинских людей»). Там вели занятия профессора Академии наук! В этом был как «плюс», так и «минус»: ученики получали очень широкое образование (астрономия, архитектура, рисование, танцы и… бухгалтерский учет) и блистали в Европе, но в ущерб военным наукам. И, тем не менее, его выпускниками в разное время были такие видные фигуры как П. А. Румянцев, М. В. Долгоруков, А. А. Прозоровский и многие другие, вплоть до А. В. Суворова, пополнявшего здесь свой интеллектуально-профессиональный багаж. В разное время его возглавляли такие выдающиеся фигуры российской политики как Б. Х. Миних, В. А. Репнин, Б. Г. Юсупов, И. И. Шувалов и И. И. Бецкой – люди особые и, как правило, не только влиятельные, но и более чем обеспеченные! Назначение не было случайным: все прекрасно помнили, что Кутузов сам не только успешно окончил Артиллерийско-инженерную школу, но и продуктивно работал там преподавателем.

Пришло время «подтянуть дисциплину», разобраться с общей запущенностью состояния дел в этом элитном учебном заведении, готовившим будущих славных мужей – защитников Отечества и на поле боя, и на общественном поприще. И надо сразу сказать, что Михаил Илларионович Голенищев-Кутузов снова полностью оправдал высокого доверие императрицы-«матушки». Уже на первой проверке Кутузов, окинув их грозным взглядом, сказал, как отрубил: «С вами обходились как с детьми, а я буду обходиться с вами, как с солдатами!» Зная от своего родственника Ивана Логиновича Голенищева-Кутузова – руководителя Морского кадетского корпуса – все нюансы бытия такого рода заведений, Михаил Илларионович не только провел на вверенном ему посту реорганизацию корпуса, установил строгий режим и усилил практическую направленность обучения, но часто сам читал лекции о тактике и военной истории – этим двум главным, по его мнению, дисциплинам столь необходимым для воспитания будущих офицеров. В основу обучения он ввел те тактические приемы войны, что положительно сработали в известных ему сражениях XVIII в. и, кроме того, были понятны русскому человеку. Кутузов на деле доказал правильность своих убеждений, воспитав множество способных офицеров, будущих героев Отечественной войны 1812 года и других войн Российской империи первой половины XIX века, например, будущего генерала от инфантерии (полный пехотный генерал) графа К. Ф. Толя, своего кстати, любимца. Это ему он сказал: «Послушай, брат, чины не уйдут, науки не пропадут. Останься и поучись еще». Толь остался и не прогадал, сделав затем головокружительную карьеру как один из самых образованных офицеров своего поколения.

Одновременно с 1795 по 1799 гг. Кутузов командовал и инспектировал войска в Финляндии на случай войны со Швецией, отношения с которой как были, так и остались прохладными. Кроме того, именно Михаилу Илларионовичу было поручено сопровождать во время «прогулки» по Финляндии внука Екатерины – Константина Павловича – манерами которого та была весьма недовольна: «… со всякой подлостью везде, даже по улицам, обращается с такой непристойной фамильярностью, что я того и смотрю, что его где ни есть прибьют к стыду и крайней неприятности…». Кутузову поручалось ненавязчиво, но твердо привести к повиновению внука Екатерины, отличавшегося экстравагантным поведением.