Духовенство миссии состоит из 1 архиепископа, 3 епископов, 88 миссионеров из Европы, 20 местных священников, 304 катехизатеров, 25 монахов и 85 монахинь из Европы и 42 послушников. Архиепископ и епископы проживают в Нагасаки, Осаке, Токио и Хакодате24.

Миссия Православной церкви процветает в Японии. Здесь о ней всегда говорят, как о «греческой церкви» или «греко-католической церкви», хотя правильнее было бы называть ее «русской церковью», поскольку она была основана и поддерживается национальной церковью России. Эта миссия во многом является результатом колоссальных трудов одного человека – епископа Николая Касаткина25. Впервые он приехал в Японию в 1861 году в качестве капеллана русского консульства в Хакодате, но с самого начала его желанием и намерением было заниматься миссионерской работой. Несколько лет он посвятил изучению японского языка, он был настолько им поглощен, что не предпринимал попыток проповедовать или учить. В 1866 году был крещен первый японец, им оказался буддийский монах, который приехал к Николаю, чтобы провести диспут, но под влиянием Касаткина обратился в христианскую веру. Три года спустя крестили второго японца, который занимался врачебной практикой.

Рвение в вере японцев побудило Николая посвятить всю свою жизнь делам христианской миссии в Японии. Потом он еще долго жалел, что так много времени посвятил только изучению языка вместо проповеди о Христе народу. В 1869 году он вернулся в Россию и положил начало обсуждения учреждения миссии в Японии. В следующем году Священный Синод дал разрешение на открытие и назначил епископа Николая своим первым миссионером. В 1871 году Николай вернулся в Японию и поселился в столице Токио, с этого времени началась его активная миссионерская деятельность. Будь то проповедь, перевод текстов, финансовые дела, строительство или что-то еще везде он был и работником, и директором, брался за любой труд. В 1872 г. из России приехал новый священник по имени Анатолий, который помогал Николаю в течение восемнадцати лет, но с течением лет ухудшившиеся здоровье вынудило его вернуться.

Николай снова вернулся в Россию в 1879 году и был хиротонисан во епископа Православной Церкви в Японии. В это время он начал работу, которая давно была у него на сердце, а именно сбор средств для возведения прекрасного собора в Токио26. Строительство этого собора было начато в 1884 году и завершено в 1891 году. Это великолепное здание, безусловно, лучшее церковное сооружение в Японии. Он стоит на возвышении, с которого, кажется, возвышается над всем городом. Стоимость этого собора составила 177 575 долларов серебром.

В этом соборе можно услышать лучшее хоровое пение во всей империи. Тем, кто считает, что невозможно хорошо выучить японский язык, достаточно посетить службу в этом соборе, чтобы изменить свои взгляды. Хор из нескольких сотен голосов обучен петь в совершенной гармонии, а музыка вдохновляет. Путешественники, слышавшие музыку в самых известных соборах и церквях Европы и Америки, говорят, что не слышали лучшего пения чем в Токийском соборе. Православная церковь оказала большое влияние на развитие музыки в Японии.

Православные приходы есть по всей стране, но в основном работа ведется в городах и крупных поселках. Как и Римская церковь, Православные отказываются от общения с различными протестантскими объединениями. Сегодня к Православной церкви принадлежат видные деятели из разных слоев общества.

Одной из особенности миссии начатой епископом Николаем стало то, что он привлекал совсем небольшое число иностранных священников, стараясь воспитывать и обучать местных японцев-христиан, способных к священническому делу. Кого-то отправляли обучаться за границу, откуда потом они возвращались в Японию и становились приходскими священниками.