Хидэеси сначала был терпим к христианству, но со временем его настороженность росла, затем он и во все стал жестоким и безжалостным преследователем христиан.

До сих пор не понятно почему это произошло, что именно изменило взгляды Хидэеси? По словам доктора Гриффиса обида Хидэеси на христиан началась из-за ссоры с португальским капитаном, который отказал в просьбе столь высокого чиновника. Некоторые считают, что христианские девы из Аримы17 пренебрегли унизительными и пошлыми предложениями Хидэеси. Ссоры самих христиан также способствовали гонениям.

Францисканские и доминиканские миссионеры из Испании недавно высадившиеся в Японии постоянно спорили с португальскими иезуитами. Ревность и неосмотрительность этих недружественных орденов, а также клевета, распространяемая буддистами, вызвали народную ярость из-за которой начались гонения.

Хидэеси издал указ, предписывающий иезуитам покинуть страну через двадцать дней, однако орден будто проигнорировал его. Гонения не были регулярными, они были локальными и эпизодическими. Во время этих гонений количество новообращенных росло быстрее, чем раньше, и каждый год прибавлялось около 10 000 человек.

Не смотря на указ Хидэеси четыре францисканских священника прибыли в Киото вместе с эмиссаром из Испании в 1593 году. Им было разрешено строить дома и проживать в Японии при условии, что они не будут проповедовать или учить ни публично, ни в частном порядке. Однако вскоре священники стали открыто проповедовать на улицах. Хидэеси был разгневан этим и приказал схватить девятерых проповедников, которые строили часовни в Осаке и Киото, приговорив их затем к смертной казни. Они вместе с тремя португальскими иезуитами, шестью испанскими францисканцами и семнадцатью местными христианами были распяты на бамбуковых крестах в Нагасаки 5 февраля 1597 года. Однако в приговоре значилось, что их казнили не как христиан, а как нарушителей закона и политических заговорщиков.

С течением времени Хидэеси стал считать, что иностранные священники имели и политический замысел: стремление захватить Японию. Даже был такой эпизод, когда один из испанских капитанов показал Хидэеси карту мира, на которой были обозначены обширные владения короля Испании. На вопрос Хидэеси о том, как его хозяин получил такие обширные территории, капитан не подумав ответил, что король сначала послал священников, чтобы привлечь людей, а затем солдат, чтобы «сотрудничать» с новообращенными туземцами.

После смерти Хидэеси в 1597 году миссионеры воспаряли духом и с новыми силами стали проповедовать японцам. Политическим преемником Хидэеси стал Иэясу18. Однако еще долгое время Иэясу никак не мог начать свое правление из-за ожесточенной кровавой борьбы, которая развернулась после смерти Хидэеси. Около столицы было собрано 200 000 солдат под предводительством амбициозных соперничающих лидеров. Вскоре лагеря разделились на две фракции: северные солдаты под командованием Иэясу, и южные солдаты под предводительством своих дайме.

Большинство христиан, естественно, были союзниками южного лагеря, считая Иэясу узурпатором. На поле Сэкигахара произошла кровавая битва, в которой погибло 10 000 человек. Плененных христиан избивал и отрубали головы. Иэясу, став победителем несмотря на политические разногласия, продолжил дело Хидэеси по централизации и укреплению власти, подчинив или уничтожив не согласных с ним дайме. Отныне христиане имели дело не с мелкими правителями провинций и их командирами, а с централизованной и жестокой властью нового правительства Иэясу.

В разных частях империи начались гонения, достигшие кульминации в 1606 году, когда Иэясу издал свой знаменитый указ, запрещающий христианство. В то время в Японии было более 1 000 000 христиан.