Заключение дается экспертом (или комиссией экспертов) от своего имени на основании проведенных исследований, с учетом их результатов. Заключение оформляется в письменном виде и подписывается экспертами или комиссией экспертов. Если экспертиза проводилась в государственном судебно-экспертном учреждении, подписи эксперта или комиссии экспертов удостоверяются печатью этого учреждения (ст. 25 ЗГСЭД).

Материалы, иллюстрирующие заключение эксперта (фотографии, схемы, графики и т. п.), прилагаются к заключению и являются его составной частью. Документы, фиксирующие ход, условия и результаты исследований, хранятся в государственном судебно-экспертном учреждении и по требованию органа или лица, назначивших судебную экспертизу, предоставляются для приобщения к делу (ч. 3 ст. 204 УПК, ст. 25 ЗГСЭД).

При оформлении заключения эксперта необходимо исключить любые непредусмотренные законом формы, например, практику приложения к заключению разного рода «актов», составляемых специалистами, которые производят лабораторные исследования. При производстве таких исследований допускаются многочисленные процессуальные нарушения – поручение об их производстве дает не руководитель экспертного учреждения, а эксперт, специалисты лабораторных подразделений не предупреждаются о своих обязанностях, правах и ответственности, не соблюдается процессуальный порядок получения образцов для сравнительного исследования, а, следовательно, не обеспечивается достоверность их происхождения, и, кроме того, сама форма «акта» не предусмотрена процессуальным законодательством. Подобные проблемы характерны для судебно-медицинской экспертизы трупа, которая, в силу сформировавшейся на практике узкой специализации экспертов, по сути является комиссионной.

Для того чтобы обеспечить соблюдение закона и избежать процессуальных коллизий, в этих случаях необходимо придерживаться следующих рекомендаций. Постановление о назначении судебно-медицинской экспертизы трупа должно быть вынесено в адрес экспертного учреждения (Бюро судебно-медицинской экспертизы МЗ РФ, судебно-медицинской лаборатории МО РФ и т. д.), а не конкретного эксперта и не экспертам какого-либо отделения (городского, районного), тем более, что в соответствии со ст. 16 ЗГСЭД государственный судебный эксперт вправе принимать поручение о производстве экспертизы только от руководителя государственного экспертного учреждения. Это не исключает право следователя и других участников процесса требовать привлечения к производству экспертизы конкретного специалиста, но в то же время такой порядок даст возможность руководителю экспертного учреждения или его заместителю поручить ее производство нескольким экспертам разных структурных подразделений учреждения. Эксперты лабораторных отделов и отделений обязаны при производстве экспертизы и оформлении ее результатов руководствоваться требованиями УПК, в частности составить письменное заключение с изложением хода и результатов выполненных исследований и выводами по тем вопросам, которые были предметом их деятельности. Заключение эксперта, составленное по результатам лабораторных исследований, с подпиской о разъяснении эксперту его процессуальных прав, обязанностей и ответственности должно рассматриваться как приложение к заключению эксперта, производившего экспертизу трупа.

Если при производстве экспертизы были допущены нарушения требований УПК, заключение эксперта может быть признано не имеющим юридической силы. При этом оно признается недопустимым доказательством, на этапе предварительного расследования не подлежит включению в обвинительное заключение (обвинительный акт) и не может использоваться при доказывании любых обстоятельств по делу (ст. 75, 88 УПК). В судебном заседании суд также вправе принять решение об исключении заключения эксперта как доказательства по делу, если оно было получено с нарушением требований закона. В этом случае заключение эксперта также теряет юридическую силу, не может исследоваться и использоваться в ходе судебного разбирательства и не может быть положено в основу приговора или иного судебного решения (ст. 88, 235 УПК).