Если судебная экспертиза производится вне экспертного учреждения, то следователь вручает постановление и необходимые материалы эксперту и разъясняет ему права и ответственность, предусмотренные ст. 57 УПК (ч. 4 ст. 199 УПК).

Некоторые отличия имеются в порядке назначения судебно-медицинской экспертизы в ходе судебного следствия. Экспертиза в судебном заседании назначается определением суда или постановлением судьи по собственной инициативе суда или по ходатайству сторон (ч. 1 ст. 283 УПК).

Прежде всего необходимо иметь в виду, что вне зависимости от того, проводилась ли по данному конкретному делу экспертиза на предварительном следствии, экспертиза в суде первоначально назначается только как первичная, даже если требуется провести исследования для разъяснения и дополнения данного на предварительном следствии заключения (равно как и при необходимости решения новых вопросов).

Несмотря на то, что закон (240 УПК) требует, чтобы приговор суда был основан только на тех доказательствах, которые были непосредственно исследованы судом, назначение экспертизы в суде не является обязательным.

В случае принятия решения о назначении экспертизы председательствующий предлагает сторонам представить в письменном виде вопросы эксперту. Поставленные вопросы должны быть оглашены и по ним заслушаны мнения участников судебного разбирательства. Рассмотрев вопросы, суд своим определением или постановлением отклоняет те из них, которые не относятся к уголовному делу или компетенции эксперта, формулирует новые вопросы (ч. 2 ст. 283 УПК). Присутствующий в судебном заседании эксперт или специалист высказывает свое мнение по вопросам, представленным сторонами и предложенным судом, в частности об их соответствии или несоответствии его экспертной компетенции, о необходимости исключения или уточнения формулировок отдельных вопросов, о возможности их решения и об условиях, необходимых для производства экспертизы.

Содержание определения аналогично постановлению о назначении судебной экспертизы в ходе предварительного расследования. Экземпляр определения (постановления) вручается эксперту.

Председательствующий в суде по согласованию с экспертом определяет время, необходимое для исследований и подготовки заключения, место проведения экспертизы, после чего объявляется перерыв в судебном заседании или оно продолжается без участия эксперта. Если экспертиза проводится в суде, условия для работы эксперта обеспечивает суд.

Экспертиза в ходе судебного следствия производится в том же порядке, который установлен гл. 27 УПК для производства судебной экспертизы на этапе предварительного расследования уголовного дела (ч. 3 ст. 283 УПК). Экспертиза может выполняться в суде или вне суда в зависимости от конкретных обстоятельств (необходимость проведения сложных исследований с использованием специальной аппаратуры, помещением лица в медицинский стационар, невозможность доставить в суд объект исследования и др.).

Заключение дается в письменном виде и если в нем изложены обстоятельства, имеющие значение для дела, по определению суда или постановлению судьи оно может быть полностью или частично оглашено в суде. Заключение эксперта оглашает сторона, которая ходатайствовала об оглашении, либо суд (ст. 282, 285 УПК). На практике же нередко выводы заключения, выполненного в ходе судебного следствия, оглашает сам эксперт.

В случае, если экспертиза назначается в отношении подозреваемого или обвиняемого, находящихся под стражей или в местах заключения, администрация соответствующего стражного учреждения для производства экспертизы обеспечивает доступ эксперта в это учреждение (по письменному допуску лица, назначившего экспертизу), предоставление оборудованных помещений, а при необходимости помещает подозреваемого или обвиняемого в медицинский стационар