Наконец, в 2013 году власть решила взяться за науку основательно, подвергнув всю ее структуру глубокому реформированию.

Изначально, предложения инициаторов реформы сводились к тому, чтобы ликвидировать три государственные академии – Российскую академию наук, Российскую академию медицинских наук и Российскую академию сельскохозяйственных наук, создав вместо них одну общественно-государственную организацию под названием «Российская академия наук», передав её имущество в ведение федерального агентства, которое выступало бы в роли учредителя объединённой академии. Также предполагалась передача других отраслевых государственных академий наук в ведение уполномоченных федеральных органов исполнительной власти по примеру Российской академии ракетных и артиллерийских наук (РАРАН), которая с момента своего образования находилась в ведении Министерства обороны. В части академических званий предполагалось заменить двухступенчатую систему членства одноступенчатой и допустить возможность лишения звания «академик» его обладателя.

Согласно проекту закона, внесённому в Государственную думу 28 июня 2013 года, предлагавшиеся на первом этапе реформирования меры имели характер административно-имущественной реорганизации и не предусматривали существенных изменений, касающихся регулирования научной деятельности государственных академий и подведомственных им организаций. При этом к подготовке этого закона не было привлечено научное сообщество в нарушение действующего законодательства, согласно которому должно проводиться общественное обсуждение вопросов подобного уровня важности.