А пока стрельцы настаивали на том, чтобы оба царевича были провозглашены царями, а Софья – регентшей при них. «Нельзя ее обвинять в создании стрелецкого мятежа, но трудно было бы ждать от нее, чтобы она этим мятежом в своих видах не воспользовалась», – замечает биограф Софьи.

В конце концов, после множества убийств и бесчинств, которые совершали стрельцы, «добиваясь справедливости», нашли компромисс, который хотя бы на словах примирил обе враждующие партии. Царями провозгласили сыновей покойного государя от обоих браков – Ивана («старший» царь) и Петра («младший»).

Как регентша при малолетних братьях, Софья, «по многом отрицании, согласно прошению братии своей, великих государей, склоняясь к благословению святейшего патриарха и всего священного собора, призирая милостивно на челобитие бояр, думных людей и всего всенародного множества людей всяких чинов Московского государства, изволила восприять правление…». Царевна должна сидеть с боярами в палате, выслушивать доклады думных людей о государственных делах, и ее имя будет стоять во всех указах рядом с именами царей.

Равновесие, однако, оказалось неустойчивым: Наталья Кирилловна понимала, как выгодна была бы сторонникам Софьи смерть малолетних соправителей, и берегла их пуще собственного глаза. Неслучайно политические противники прозвали царицу «медведицей».

Регентша немедленно сформировала свой «кабинет министров», раздавая государственные посты своим приближенным: боярам князьям В.В. Голицыну, И.М. Милославскому, И.Б. Троекурову, В.С. Волынскому, И.Ф. Бутурлину, Н.И. Одоевскому, Ф.С. Урусову, окольничим И.П. Головнину, И.Ф. Волынскому, М.С. Пушкину, стольникам князю А.И. Хованскому, князьям М. и В. Жировым-Засекиным, думным дворянам В.А. Змееву, Б.Ф. Полибину, А.И. Ржевскому, И.П. Кондыреву, думным дьякам В. Семенову, Е. Украинцеву. Она опиралась в основном не на родовитых бояр, а на «служилых людей», дворян.

Осенью 1682 года, перед самой коронацией царевичей, в Москве вспыхнул новый бунт – на этот раз недовольство высказывали старообрядцы. Им удалось снова возмутить стрельцов. Царскую семью и двор уведомили, что если кто-то из них заступится за церковные власти, то всем, начиная с юных царей, «от народа не быть живым». Софья усмирила бунт раскольников, действуя то хитростью, то силой. Она смело назначила «прение о вере» в Грановитой палате и там, втянув расколоучителей в яростный спор, продемонстрировала выборным стрельцам, что их новые лидеры – просто смутьяны и скандалисты. Прения затянулись до вечера, а ночью расколоучители, у которых почти не осталось сторонников, были схвачены и вскоре казнены.

Но Софья оказалась не только ловким политиком, умело соблюдающим баланс между различными партиями, но и талантливым экономистом. При ней в России утвердили единые стандарты мер и весов (1686 г.) и государственный тариф на ямские перевозки (1688 г.). Софья и ее сподвижники, Василий Голицын и Федор Шакловитый, совершенствовали систему законов по защите имущества подданных. Возглавляемый Голицыным Посольский приказ заключил выгодные договоры с Данией и Швецией, укрепил связи России с Францией, Англией, Голландией, Испанией, Священной Римской империей германской нации, папским престолом, мелкими государствами Германии и Италии. Русские войска вели битвы с турками в Крыму и на Азове.

Голицын сопровождал войска, а Софья писала своему любимцу трогательные письма: «Свет мой братец Васенка, здравствуй батюшка мой на многие лета и паки здравствуй, Божиею и Пресветыя Богородицы и твоим разумом и счастием победив агаряны, подай тебе Господи и впредь враги побеждати, а мне, свет мой, веры не имеется што ты к нам возвратитца, тогда веры пойму, как увижю во объятиях своих тебя, света моего. А что, свет мой, пишешь, чтобы я помолилась, будто я верна грешная перед Богом и недостойна, однако же дерзаю, надеяся на его благоутробие, агце и грешная. Ей всегда того прошю, штобы света моего в радости видеть. Посем здравствуй, свет мой, о Христе на веки неигцетные. Аминь».