Волны от этого пустякового, казалось бы, случая расходились еще долго, давая чекистам пищу для утверждений, что в белогвардейском лагере действуют масоны. Что касается самого Мельгунова, то он никогда масоном не был. В своих книгах и статьях историк неоднократно писал о попытках вовлечь его в масонские ложи (разговоры на эту тему с ним вел сам А. Ф. Керенский), не вызывавшие у него никакого доверия. «Я считаю вредным облечение подобными формами деятельности русской оппозиции», – признавался Мельгунов.

Однако зададимся каверзным вопросом: откуда это большевики, в частности чекисты, были так сведущи в масонской символике, распознав в печати, изъятой у Мельгунова, откровения «вольных каменщиков»? Не мерцает ли здесь одна из скрытых пока от исторического взгляда тайн большевиков? Допросы Мельгунова по масонским делам вел начальник Особого отдела ВЧК М. С. Кедров, кстати говоря, несколько лет проведший в эмиграции. Как подчеркивал историк, «Кедров больше всего интересовался разгадкой, существует ли теперь масонство в России или нет».

С Кедровым связано и другое неожиданное приключение, пережитое в ЧК Мельгуновым. Однажды на допросе к начальнику Особого отдела принесли кипу каких-то документов. Историк поинтересовался, что это за документы, и получил ответ, что это бумаги одной из местных организаций партии эсеров и что в ЧК часто попадают еще более интересные документальные материалы. Например, недавно поступил архив из могилевской Ставки Николая II как Верховного главнокомандующего. У Мельгунова мелькнула дикая мысль, и он попросил Кедрова ознакомиться с этим архивом. Немного подумав, чекист ответил: «Хорошо. Вы получите документы на одну ночь при условии никому их не показывать».

И вот Мельгунов всю ночь при электрическом свете в камере, где содержалось 15 человек, знакомился и делал выписки с официальной и полуофициальной переписки Ставки, переговоров по прямому проводу, автографов Николая II. Здесь им и был обнаружен, в частности, уникальный документ о гарантиях для себя и своей семьи, которые требовал император от Временного правительства во время своего отречения (позднее этот документ был опубликован историком за границей). На следующий день Кедров заявил, что он хочет издать архив Ставки, и спросил, не поможет ли ему в этом Мельгунов. Тот ответил категорическим отказом: «С большевиками невозможна никакая совместная работа».

Выйдя на свободу, Мельгунов неотступно ждал нового ареста, его все сильнее стали изматывать постоянные обыски. «С лета 1919 года мы все ходили под угрозой… – писал он впоследствии. – Мы продолжали свое дело. Жили легально и, может быть, даже слишком беспечно и открыто». В это время чекисты уже вышли на след «Союза возрождения» и других контрреволюционных организаций. 29 августа 1919 года был арестован Н. Н. Щепкин. Узнав об этом, Мельгунов решил срочно уехать с женой в деревню под Серпухов, и сделал это не напрасно: дважды его приезжали арестовывать на московскую квартиру, оставив там на 6 недель засаду. Начались полгода мучительной нелегальной жизни: историку пришлось изменить внешность, поменять паспорт, преобразиться в бухгалтера и переезжать с женой с места на место. В конце концов «прятание по углам» надоело, и Мельгунов через знакомых большевиков, в том числе Л. Б. Каменева и Д. Б. Рязанова, попросил узнать, можно ли ему безопасно для себя выйти из подполья. Получив положительный ответ, он вернулся в середине февраля 1920 года в свою квартиру и… был тут же арестован.

Арест произвел особоуполномоченный Особого отдела ВЧК Я. С. Агранов. Как вспоминала жена историка П. Е. Мельгунова, «он был очень эффектен: шлем на голове с спускающейся на плечи кольчугой, весь до зубов вооруженный, за ним два солдата стукнули об пол прикладами». Сразу чувствовалось, что дело намного серьезнее, чем при предыдущих арестах. П. Е. Мельгунова скоро узнала от знакомых об отзыве на сей счет наркома юстиции Д. И. Курского: «Дело плохо, не исключена возможность военного суда, тогда грозит расстрел, возможна тоже ликвидация дела прямо Особым отделом, это еще хуже». Прасковья Евгеньевна кинулась искать заступничества у кого можно, написала новое письмо В. Г. Короленко, но все было тщетно.