Также за несколько месяцев до своей кончины Матушка спросила у келейницы: «А какой день недели тридцатое октября?» И узнав, что воскресенье, ничего не ответила, только покачала головой. Подобный же вопрос она задала одной монахине.

В связи с предсмертными наставлениями Старицы вспоминается завещание преподобного Серафима Саровского своим духовным детям: «Когда меня не станет – вы ко мне на гробик ходите! И чем чаще, тем лучше. Все, что есть у вас на душе, что бы ни случилось с вами, придите ко мне, да все горе с собой-то и принесите на мой гробик! Как живому все и расскажите! Как вы с живым всегда говорили, так и тут! Для вас я живой и буду во веки!» Аналогичные слова были сказаны неоднократно матушкой Алипией в ответ на вопросы духовных детей о том, что им делать после ее кончины: «Не плач, придешь ко мне на могилку – кричи! Зови! Расскажешь как живой, а Господь услышит и поможет тебе!» Или же в другой раз она сказала: «Я не умираю, я здесь с вами – придите, покричите, обойдите вокруг этого места (т.е. в Голосеево) и я вас услышу». И эти слова не были голословными – посмертные многочисленные благодеяния матушки Алипии являются прямым доказательством того, что Бог слышит ее молитву.

За неделю до смерти у Матушки собрались ее близкие почитатели. Старица начала низко кланяться каждому из них, говоря: «Прости меня! Прости меня! Прости меня!«Все затаили дыхание, встревожившись и предчувствуя смысл предзнаменования, торжественно внимали предсмертной просьбе Матушки о прощении. Низко поклонившись всем своим духовным детям, она подняла голову к небу и, собрав все свои душевные силы, громко обратилась к Господу Богу: «Прости! Прости! Прости! Прости!» – осеняя себя крестным знамением. Это был итог всей ее жизни, с этими словами она переходила в вечность.

30 октября 1988 года воскресным осенним днем Матушка отошла… Чтобы не тревожить Старицу в последние минуты ее жизни, духовные дети, получив благословение блаженной и простившись с нею, пошли в Китаевскую пустынь, чтобы в этот величественный момент помолиться преподобным Досифею и Феофилу Китаевским.

Тихо, мерно, печально падал первый снег, подчеркивая торжественность и величие этого момента. «Я отойду, когда пойдет первый снег и наступит заморозок», – говорила Старица. Это небесное знамение словно сообщало миру – уходит великая подвижница… Невольно вспоминаются слова святителя Игнатия Брянчанинова: «Можно узнать, что почивший под милостью Божиею, если при погребении тела его печаль окружающих растворена какою-то непостижимою отрадою». «Душа, исполненная любви к Богу, и во время исхода своего из тела, не убоится князя воздушного, но с ангелами возлетит, как бы от чужой страны, на родину». (Преподобный Серафим Саровский).

Первую панихиду по блаженно почившей монахине Алипии отслужил иеромонах Роман (Матюшин). Отпевание состоялось 1 ноября 1988 года в Вознесенском соборе Свято-Вознесенского Флоровского монастыря при огромном стечении народа.

Основанием для почитания останков православных подвижников является Боговоплощение. «Восприняв в Боговоплощении человеческую природу во всей полноте, Господь тем самым утвердил навеки достоинство человеческой телесности. Для христиан тело – не темница и не случайное одеяние души, а один из уровней человеческой личности, связь с которым личность таинственно сохраняет и после смерти. По учению Свщ. Писания, можно прославлять Бога не только духом, но и в телах (1 Кор. 6,20). Само тело может стать храмом Святого Духа (1 Кор. 6,19), и оно не перестает быть таковым и после смерти. Отсюда в Церкви особое уважение и благоговейное отношение к останкам святых угодников» (9).