Далее его пастырский путь складывался следующим образом: 1894 год – назначен настоятелем Русской посольской церкви в Афинах с возведением в сан архимандрита. 1895 год – защитил магистрскую диссертацию. 1897–1899 годы – служба помощником начальника православной духовной миссии в Японии. 1899 год – назначение ректором Петербургской духовной семинарии, а затем инспектором Петербургской духовной академии. 1901 год – назначение ректором той же академии и хиротонисание во епископа Ямбургского, третьего викария Петербургской епархии, с оставлением в прежней должности. 1905 год – назначение архиепископом Финляндским и Выборгским. 1924 год – определен митрополитом Нижегородским и Арзамасским. И, наконец, 1925 год – вступление в управление Русской Церковью в качестве исполняющего обязанности Патриаршего Местоблюстителя (Заместителя).

Уже первые шаги его правления были омрачены возникновением так называемого правого иерархического течения, которое возглавил архиепископ Свердловский Григорий. Его представители образовали Временный Высший Церковный Совет (ВВЦС), или григорианский «Синод». Это был первый, но далеко не последний клин, вбиваемый в церковный организм, переданный, волею Божией, на окормление митр. Сергию.

Сущность григорианского раскола заключалась в том, что его представители не пожелали признать канонической власти ни за митр. Сергием, ни за митр. Петром, хотя сами григориане насильственным образом присвоили себе первоиерархические права церковного руководства, признав свой ВВЦС единственно правомочным органом управления Русской Православной Церковью. История, однако, показала всю каноническую несостоятельность их притязаний, и на протяжении своего десятилетнего существования григориане не столько созидали собственный церковный дом, сколько всеми силами старались удержать его от неизбежного падения.

Появление ВВЦС обновленцы расценили как начало дробления Патриаршей Церкви и распад единства тихоновской иерархии. Все это всецело отвечало их чаяниям. А вскоре, к вящей радости обновленческих лидеров, церковное единство было нарушено новым потрясением. В 1927 году начали раскольническую деятельность последователи митрополитов Иосифа и Виктора. Эти архиереи, отвергнув взятый митр. Сергием новый курс церковной политики, усмотрели в его действиях измену Православию и подчинение Божьего кесареве.

С появлением новых расколов добавились и новые страдания в жизни верующих. Теперь недра Русской Православной Церкви терзали уже не чужие, а свои – те, кто считал себя ревнителями Православия, хотя в действительности эта ревность была не чем иным, как «обольщением, по преданию человеческому, а не по Христу» (Кол. 2:8).

Церковь явно стояла на краю пропасти. С одной стороны, ее теснило обновленчество, с другой – не давали покоя григориане, викториане и иосифляне. Единство церковное дробилось все больше и больше. Опасность ситуации усугубилась, когда в начале 1928 года от митр. Сергия отделился митр. Агафангел, образовавший со своими викариями так называемую «Ярославскую церковную область».

Добавила горечи и смятения в умы верующих также позиция некоторых православных епископов, которые, не примыкая ни к одному из появившихся расколов, старались в то же время обособиться и от митр. Сергия. К ним принадлежали архиереи так называемых «даниловского» и «мечовского» уклонов.

Усомнившись в каноничности действий Заместителя Патриаршего Местоблюстителя, прервал с ним молитвенно-каноническое общение такой видный иерарх, как митр. Кирилл. Будучи ревнителем единоличной власти, он усмотрел в образовании Временного Патриаршего Синода угрозу патриаршеству и потому отошел от митр. Сергия.