Развитие сельского хозяйства требовало все более крупных финансовых ресурсов, которые должны использоваться рационально. Однако государственное распределение средств этому не способствовало, затратный механизм хозяйствования не соответствовал поставленным задачам по повышению эффективности общественного производства, поэтому в конце 1985 г. и начале 1986 г. был принят ряд решений о кардинальном изменении управления агропромышленным комплексом. Суть преобразований выражалась в повышении ответственности колхозов и совхозов за результаты своей деятельности, в ослаблении регулирующей роли государства в экономических отношениях и усилении самостоятельности предприятий в решении оперативно-хозяйственных и финансовых задач. Государство способствовало формированию прибыли сельскохозяйственных предприятий, используя инструменты финансовой помощи и поддержки в виде дотаций и надбавок к закупочным ценам: в 1986 г. ассигнования из бюджета сельскому хозяйству достигли 70 % в выплатах за проданную колхозами и совхозами продукцию [15].

В 1986-1990 гг., в условиях неподготовленной в стране экономической перестройки, наступает очередной спад в развитии сельского хозяйства, ухудшаются производственные и экономические показатели сельскохозяйственной деятельности, наращивается импорт и сокращается экспорт практически всех видов сельскохозяйственной продукции, появляется дефицит многих видов продовольствия, пустые полки и длинные очереди за продуктами питания, в том числе за хлебом и другими продуктами питания первой необходимости. Все это предопределило объективную необходимость проведения в стране очередной аграрной реформы [5].

В 1988–1990 гг. было сохранено выделение бюджетных ассигнований на капитальные вложения и выполнение государственных мероприятий по мелиорации земель, строительство внутрихозяйственных дорог, лесо – и землеустройство, борьбу с вредителями сельскохозяйственных растений и т.д. Общая сумма ассигнований на АПК в 1990 г. составила 41,4 % в расходах бюджета [15]. Однако эти финансовые вливания в аграрный сектор не давали ожидаемого результата по причинам экстенсивного развития сельского хозяйства и отсутствия эффективного финансового механизма регулирования воспроизводственного процесса в сельском хозяйстве [6].

Не обеспеченная материально, не подготовленная организационно, разрушившая прежние механизмы и не успевшая создать новые, эта реформа, как и предыдущие, за 10 лет осуществления не принесла ожидаемых положительных результатов. Приведшая к невиданному ранее сокращению сельскохозяйственного производства на целых 40 %. предпринятая в России очередная реформа потребовала коренного пересмотра, который энергично проводится в последние годы и сопровождается определенными положительными изменениями, в частности начавшимся в 1999 г. приростом сельскохозяйственной продукции (в 1999 г. – на 4,1 %, в 2000 г. – на 7,7, в 2001 г. – на 6,8 %).

Экономическая реформа коренным образом изменила политику государства в отношении финансовой поддержки сельского хозяйства. В результате приватизации государственной собственности, которая освободила государство от инвестиций в материальную сферу производства, сельское хозяйство оказалось в глубоком кризисе, поскольку предприятиями были утрачены собственные оборотные средства, резко выросла кредиторская задолженность. Государственная поддержка сельского хозяйства выражалась в централизованных кредитах, возмещении разницы в процентных ставках по льготному кредитованию, а также в лизинге сельскохозяйственных машин и племенных животных и бюджетном кредитовании аренды техники сельскохозяйственными товаропроизводителями. С 1993 г. из федерального бюджета компенсируется сельскому хозяйству 30 % стоимости приобретаемых минеральных удобрений и 50 % затрат на топливо для теплиц.