С усыпальницей польских монархов связана интересная история, подобная легенде о проклятии фараонов. Говорят, что один из похороненных здесь королей умер от неизвестной хвори. Ее симптомы, достаточно подробно изложенные в летописях, не были похожи ни на одну из известных как тогда, так и теперь болезней. Ученые заинтересовались этим фактом и извлекли из гробницы короля коленный сустав, где сохранилось достаточно тканей для исследования. Найти возбудителя загадочного недуга так и не удалось, но некоторые члены группы, принимавшие участие в эксперименте, скончались. Причем симптомы у них были такие же, как и у короля, ведь перед экспериментом исследователи подробно изучали летописи. Исследования прекратили, а злополучный сустав решено было сжечь в крематории. В итоге ученые сошлись во мнении, что им пришлось столкнуться с неизвестным науке вирусом.

Как и повсюду в Европе, польское Возрождение стало эпохой расцвета культуры, что относилось и к Вавелю, и к Кракову в целом. Это было время, когда люди смогли, наконец, освободиться от мрака Средневековья, а самые смелые и одаренные получили возможность распространять свои мысли, сея идеалы гуманизма. Эпоха правления последних королей из династии Ягеллонов подарила миру величайших людей науки, искусства и литературы. Ренессанс обеспечил доступ к знаниям представителям низших сословий, благодаря чему бедняки могли подняться по социальной лестнице, получив, например, высокую должность. Веротерпимость королей помогла приостановить религиозную борьбу, здесь не такую ожесточенную, как в других европейских странах. Сторонники разных религиозных течений в пределах Кракова чувствовали себя совершенно свободно. Они пользовались почтой, связавшей Польшу с другими европейскими и даже азиатскими странами. Вавель того времени был местом турниров, праздников и народных гуляний. Сам королевский замок, постоянно обновляясь, поражал великолепием и, будучи творением самых талантливых местных мастеров, считался лучшим в целом свете.

Однако золотой век Вавеля и Кракова подошел к концу, когда в государстве начала меняться политическая обстановка. С момента заключения Люблинской унии страна стала сословной монархией во главе с королем, который избирался в жарких дебатах в сейме. В результате всех этих переделок Краков утратил столичный статус и вдобавок оказался на окраине Речи Посполитой, в отличие от Варшавы, теперь переместившейся в центральную часть страны.

Когда стало ясно, что беглого короля-француза Генриха не вернуть, дворяне провели новые выборы, и трон Речи Посполитой на 10 лет занял трансильванский князь Стефан Баторий. В годы его правления страна долго и изнурительно воевала с Россией, подписав, наконец, перемирие. Согласно составленному соглашению, Речи Посполитой отходили Ливония и земли Полоцка.

Следующим правителем государства стал шведский королевич Сигизмунд, имеющий по матери родство с Ягеллонами. Правление угрюмого шведа вызывало недовольство у польских аристократов: король, лелея надежду занять еще и шведский трон, искал поддержки у Габсбургов, обещая им отдать на откуп свою польскую вотчину. Кроме того, Сигизмунд посягал на «Генриховы артикулы», обостряя и без того сложные отношения с магнатами. Притязания польского монарха на русские земли привели к новой войне с Россией.

Король Сигизмунд III, всегда недолюбливавший Вавель, не стремился его облагородить, а случившийся в замке страшный пожар и вовсе отбил у монарха охоту жить здесь. В 1609 году Сигизмунд переехал со всем двором в Варшаву, объявив ее новой столицей.