В середине 1920 года был поднят вопрос о рукоположении отца Агафона во пресвитера. Намечался конец сентября. Трепеща перед таинством священства, принимая его как незаслуженный дар от Господа, смиренный иеродиакон молил Бога в тайне своей душевной клети о том, чтоб посвящение совершилось или в день преподобного Сергия, 25 сентября, или на другой день, 26-го, когда празднуется память великого апостола любви Иоанна Богослова. Оба эти святых угодника были очень дороги батюшке и любимы им, с их молитвенной памятью желало его сердце соединить день своего священства. И Господь услышал его смиренную молитву: 26 сентября, в день преставления святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, «грешный чернец Агафон», как свидетельствует об этом запись на полях следованной Псалтири, «рукоположен во пресвитера в храме Троицкого Патриаршего подворья – Святейшим Патриархом Тихоном».

Итак, на 37-м году жизни благодать Божия избрала отца нашего в служители святого алтаря и престола, в совершители Божественной Евхаристии, облекла его правом духовного пастырства и руководства душ. Об этом последнем качестве, получаемом в таинстве священства, очень ярко говорит в своей книге владыка Антоний (Храповицкий): «Пастырское служение состоит в служении возрождению душ, совершаемому Божественною благодатию. Для совершения этого служения пастырь получает дар, внутренне его перерождающий… Облагодатствованный в таинстве священства – является вполне равнодушным к себе и уже не себя любит, но паству… Вступив в духовный брак с Церковью, пастырь приобретает свойства любви и мудрости».

Так определяются новые качества, получаемые в святом таинстве, качества, служащие выражением отношений между пастырем и духовными детьми. Но смиренный священноинок не на эту сторону обращал теперь свое внимание. Труды для людей ждали его в будущем, сейчас же и в сане иеромонаха он по-прежнему искал только одного служения Господу, с прежней ревностью и тщательностью следил за жизнью своего внутреннего человека, утешался тем, что теперь еще преискренней, еще полнее и непосредственней мог он оплакивать свои неправды перед Престолом Божиим.

Старец отец Герман за эти годы стал заметно слабеть, иногда не мог уже достаточно точно разбираться в течении внутренней жизни своих духовных детей. Отец Агафон открывался поэтому старцу Алексию и обращался к нему за советами. Те же труды по полю и сельскому хозяйству лежали на отце иеромонахе; снова он тщательно записывает в своем сельскохозяйственном календаре в 1921 году, что «боронили поле за прудом дисковой бороной… посеяли овса и яровой пшеницы, вспахали песок, садили картофель…».

Об этом труде нашего батюшки любовно вспоминает старец Митрофан в одном из своих писем к нему: «…Вот и дорожка в обитель, которую ты вскопал и потом своим облил… Вот прекрасные долины и поляны, окутанные цветами, где братии имели покой во время трудов своих. И ты старался облегчить братские труды своим искусством, ездя на лошадке из конца в конец, истребляя злачную траву, да будет она в пользу твоим коням…»

Служение в храме, послушание по сельскому хозяйству сменяли друг друга; там и здесь – внутреннее самовоззрение, работа над сердцем. Очевидцы говорили, что в это время отец Агафон, уже иеромонах, сторонился людей, посетителей монастыря, даже бегал от них. Самое большее, если кратко ответит на необходимые предложенные ему вопросы. Очевидно, что внимательный ученик строгого старца по-прежнему воспитывал себя в невмененные, по-прежнему находя удовлетворение душе своей в строгом иноческом делании. Монашество как путь, как жизнь составляло по-прежнему единую его цель. Поэтому и обращался он к своим старцам в эти годы, прося пострига в схиму, горя желанием «быть монахом», по блаженному Симеону.