Между тем в телеграммах И.В. Сталину нарастала и обеспокоенность Москвы по последствиям Таганрогского десанта. В них говорилось о необходимости строгого соблюдения Брестского договора, о затоплении флота без малейшего промедления кораблей Черноморского флота и о категорическом недопущении нападений на занятые немцами территории. Так, Г.В. Чичерин телеграфировал И.В. Сталину о том, что «в центре всей дипломатической акции Германии относительно нас стоит вопрос о флоте… Обещание нами дано. Неисполнение было бы крахом всей нашей политики». Сталин с Орджоникидзе, связавшись со штабом войск Кубано-Черноморской республики и их главнокомандующим К.И. Калниным, заверили Москву, что «налаживающееся перемирие не будет сорвано (армией), также, как и флотом». В данном случае Сталин откровенно тянул время. По-видимому, Сталин не желал быть палачом Черноморского флота, рассчитывая, что флот удастся спасти, затягивая время на переговоры с немцами.

Но 11 июня немцы, предъявив ультиматум о возвращении Черноморского флота в Севастополь до 14 июня, а также о затоплении Азовской флотилии, начали высадку своего десанта на Таманский полуостров в готовности в любой момент прорваться к Новороссийску.

18 июня 1918 года В.И. Ленин подписал секретную директиву: «Ввиду безвыходности положения, доказанной высшими военными авторитетами, флот уничтожить немедленно. Председатель СНК В. Ульянов (Ленин)».

В отправленной вдогонку второй телеграмме он писал: «Ввиду явных намерений Германии захватить суда Черноморского флота, находящиеся в Новороссийске, и невозможности обеспечить Новороссийск с сухого пути или перевода в другой порт, Совет Народных Комиссаров, по представлению Высшего военного Совета, приказывает вам с получением сего уничтожить все суда Черноморского флота и коммерческие пароходы, находящиеся в Новороссийске. Ленин».

После получения приказа об уничтожении флота, на стоящих в Новороссийске кораблях начались разногласия, в результате чего часть кораблей ушла сдаваться немцам в Севастополь, а остальные были затоплены в Цемесской бухте.

Поведение Сталина в вопросе уничтожения Черноморского флота, можно объяснить его искреннем желанием сохранить корабли, так и нежеланием связывать свое имя с таким позорным делом, как уничтожение собственного флота.

После возвращения в Москву, в марте 1919 года И.В. Сталин был утвержден членом Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б), а также стал наркомом Государственного контроля.

17 мая ЦК партии, в связи с наступлением Юденича и угрозой Петрограду, направил Сталина на Петроградский фронт в качестве чрезвычайного уполномоченного.

Прибыв в Петроград И.В. Сталин провел совещание с Главкомом, командующим Западным фронтом, командующим 7-й армией и командованием Балтийским флотом о положении на фронте. В этот же день началась мобилизация. За двадцать дней на мобилизационные пункты явилось 24 тысячи человек. Среди них было немало бывших матросов.

20 мая И.В. Сталин выехал из Петрограда в Старую Руссу, в штаб Западного фронта. Тогда же он принял определенные меры для усиления боеготовности Балтийского флота. С этого дня ремонт судов Балтийского флота стал производиться в режиме круглосуточной работы. Занимался Сталин и вопросами укрепления взаимодействия сухопутных и морских сил с авиацией, формированию новых матросских отрядов и отправкой их на сухопутный фронт.

25 мая И.В. Сталин прибывал в Кронштадте, где ознакомился с состоянием Балтийского флота.

Военная ситуация под Петроградом к этому времени была сложная. Армия генерала Юденича быстро продвигалась к городу. В частях Красной армии все чаще происходили мятежи, процветало дезертирство. Наиболее стойкими являлись матросские отряды, но одни они остановить белых были бессильны. А 13 июня произошла настоящая катастрофа – на фортах Красная горка, Серая лошадь и Обручев начался мятеж против Советской власти. В тот же день все три форта были захвачены мятежниками, которые вышли на связь с Юденичем и командованием английской эскадры в Балтийском море, прося у них помощи.