Пожалуй, в гражданской войне Ленин начал активно использовать Сталина еще с момента ликвидации мятежа Духонина. Когда 9 ноября 1917 года В.И. Ленин находился у аппарата прямой телеграфной связи со ставкой Духонина, рядом с ним были Сталин и Крыленко. Монархист Духонин игнорировал распоряжения Советского правительства. Тогда, после краткого совещания, здесь же, у прямого провода, Ленин передал в Ставку короткий приказ: Духонин отстраняется от поста главнокомандующего армией и вместо него назначается народный комиссар по военным делам прапорщик Н.В. Крыленко. Через день новый главком в сопровождении отряда в 500 бойцов выехал в Ставку. Несмотря на попытки Крыленко и других предотвратить самосуд, Духонин был убит.

В.И. Ленин, Реввоенсовет Республики использовали Сталина и для расследования причин поражений, катастроф на отдельных участках фронта. Это было необходимо, ибо не только неорганизованность характеризовала действия войск на ряде направлений, но иногда и прямое предательство отдельных попутчиков революции, замаскировавшихся монархистов и белогвардейцев. Когда в декабре 1918 года потерпела крупную неудачу 3-я армия в районе Перми, что создавало серьезную угрозу соединения Колчака с силами контрреволюции на севере и частями английских, американских и французских войск, оккупировавших значительные территории у Мурманска и Архангельска, ЦК РКП(б) командировал в Вятку специальную комиссию во главе со Сталиным и Дзержинским. Ей вменялось в обязанность разобраться в причинах поражений и принять необходимые меры для выправления положения. Посланцы-уполномоченные действовали решительно и без промедлений. Группа лиц, признанных ответственными за поражение, была предана военному трибуналу. Слабые командиры и комиссары отстранялись от руководства войсками. Были сделаны акценты на усиление политической работы с красноармейцами, укрепление дисциплины, улучшение снабжения. Сталин, всегда относившийся к командирам из военспецов с подозрением, используя действительные факты измены некоторых бывших офицеров, действовал круто, безжалостно.

В своем донесении в Центр Сталин пишет, что в результате принятых мер боеспособность войск восстановлена, 3-я армия (совместно со 2-й) в январском контрнаступлении смогла восстановить положение. В тылу армии идет серьезная чистка советских и партийных учреждений. В Вятке и уездных городах организованы революционные комитеты. Очищена и укреплена новыми работниками губернская чрезвычайная комиссия.

Выводы Сталина, как всегда, категоричны. Вот, например, как он оценивал Реввоенсовет 3-й армии. Он «состоит, – писал Сталин, – из двух членов, один из коих (Лашевич) командует, что касается другого (Трифонов), так и не удалось выяснить ни функций, ни роли последнего: он не наблюдает за снабжением, не наблюдает за органами политического воспитания армии и вообще как будто ничего не делает. Фактически никакого Реввоенсовета не существует».

В докладе Сталин, не называя имени Троцкого, прозрачно говорит о слабой роли «некоторых руководителей» Реввоенсовета Республики, ограничивающих свою работу отдачей лишь «общих распоряжений». Но перегибы Сталина пришлось исправлять. По его распоряжению большая группа работников была отдана под военный трибунал. Заседание ЦК (5 февраля 1919 г.), рассмотревшее доклад уполномоченных, решило: «Всех арестованных комиссией Сталина и Дзержинского в 3-й армии передать в распоряжение соответствующих учреждений…» В этой поездке Сталин ближе узнал Дзержинского и, похоже, проникся к нему уважением за обстоятельность в делах и решительность. Ведь решительность и волю он ценил больше всего; дефицита этих качеств у самого Сталина никогда не было.