По возвращении на родину Судоплатова ждали представления к назначению на вышестоящую должность и к награждению орденом Красного Знамени. Но он не получил ни того, ни другого, а попал под косу репрессий. Те, кто посылал его на задание, – Шпигельглас и Пассов – оказались жертвами очередной охоты на ведьм, затеянной советскими вождями. Вместо борьбы с действительными врагами система государственной безопасности пожирала сама себя. На служебных и партийных собраниях сотрудники занимались самобичеванием и каялись в том, что просмотрели рядом собой «врагов народа и перерожденцев».

23 ноября 1938 года расстрельная очередь дошла до Судоплатова. Завистники-коллеги припомнили ему, что он находился в дружеских отношениях с Пассовым, был у него на даче, что из-за границы приехал в дорогом костюме, а в стенной газете мало критиковал «врагов народа». Одного этого хватило, чтобы забыть о прошлых заслугах Судоплатова. Представления к назначению на вышестоящую должность и награждению орденом Красного Знамени были похерены. Партийное собрание, на котором бывшие подчиненные клеймили бывшего начальника – «врага народа Пассова», закончилось тем, что Судоплатова исключили из партии, после чего, как правило, следовал арест. Спас его от репрессий приход на Лубянку нового наркома – Берии. Сам профессионал, он оценил бесспорный талант Судоплатова как непревзойденного мастера специальных операций, вернул в боевой строй и стал поручать наиболее ответственные задания.

Самое важное из них исходило от Сталина и было связано с ликвидацией его давнего идейного и личного врага – Льва Троцкого. То, что в течение многих лет не смогли сделать предшественники Судоплатова – руководители советской разведки – Шпигельглас и Пассов, ему и его подчиненным, несмотря на, казалось бы, непреодолимые препятствия, удалось выполнить. Многоходовая операция по уничтожению Троцкого, получившая кодовое название «Утка», 20 мая 1940 года была доведена до конца. Ледоруб советского агента-боевика Рамона Меркадера раскроил череп Троцкого.

Спустя год, 5 июля 1941 года, Судоплатов получил новое и ответственное назначение – он возглавил Особую группу при наркоме НКВД СССР, в последующем 4-е управление. На них возлагались задачи по проведению разведки, диверсий и террористических актов на оккупированной фашистами территории, а также выполнение специальных заданий советского правительства. При вступлении в должность Судоплатов первым делом озаботился не кабинетом, а судьбой бывших своих соратников – тех, кто отбывал незаслуженное наказание в лагерях ГУЛАГа или имел отсроченные смертные приговоры.

Не побоявшись обвинений в связях с «врагами народа», он обратился с личным письмом к «всесоюзному старосте» – председателю Президиума Верховного Совета СССР Михаилу Калинину. В нем он доказывал абсурдность обвинений, выдвинутых против боевых соратников, и ходатайствовал об их освобождении. И они были возвращены в боевой строй – но не по милости советских вождей. Война, как шелуху, смела с будущих руководителей и разведчиков разведывательно-диверсионных резидентур 4-го управления сфабрикованные обвинения в «предательстве» и отменила «драконовские» приговоры. Она востребовала не холуйствующих политиканов, а профессионалов своего дела. И они подтвердили преданность суровой Родине делами в дни обороны Москвы.

Судоплатов и его подчиненные не допустили прорыва в столицу особой ударной разведывательно-диверсионной группы «Москва». Ее костяк составляли не просто профессионалы, а лучшие из лучших, каких на то время имели спецслужбы Германии. Возглавлял их не кто иной, как признанный ас спецопераций, начальник 7-го управления РСХА, штандартенфюрер Зикс. На подступах к столице, перед Шереметьево, у моста через Москву-реку сошлись не на жизнь, а на смерть две силы. Исход схватки решили мужество, самоотверженность и высочайший профессионализм подчиненных Судоплатова. После многочасового ожесточенного боя группа Зикса перестала существовать.