Таких проколов в следственном деле было множество.

Но главное состояло в том, что на суде обвиняемые, несмотря на то, что их ожидало потом в камерах, наотрез отказывались признаваться в шпионской деятельности. Между тем основополагающим камнем сталинской судебной системы являлось признание обвиняемыми своей вины. К этому судьи были не готовы.

Председательствующий на процессе генерал-лейтенант юстиции А.А. Чепцов со страхом увидел, что еще немного, и шитое белыми нитками дело окончательно треснет по швам. Ходивший гоголем Рюмин в перерыве судебного заседания с угрозой напомнил Чепцову о принятом Политбюро решении расстрелять всех обвиняемых, кроме Штерн. Чепцов об этом знал. Но его возмутила бесцеремонность Рюмина, допустившего в следственных действиях непростительные промахи. И то, что он постоянно козырял покровительством Сталина.

В конце концов Чепцов пришел к выводу, что «Дело ЕАК» надо отправить на доследование. Через семь дней слушаний, 15 мая, он прервал процесс и стал искать защиты от наглости Рюмина.

Сохранились письма Чепцова к генеральному прокурору СССР Г.Н. Сафонову, председателю Верховного суда СССР А.А. Волину, заместителю председателя Комиссии партийного контроля М.Ф. Шкирятову, Председателю Президиума Верховного Совета СССР Н.М. Швернику, заведующему административным отделом ЦК Г.П. Громову, секретарю ЦК П.К. Пономаренко. С аргументами Чепцова многие соглашались, ему сочувствовали. Однако курок пистолета был взведен не ими, и он неминуемо должен был выстрелить в затылок руководителям ЕАК.

В конце концов Чепцова в присутствии Игнатьева и Рюмина принял Маленков. О чем они тогда говорили, неизвестно. Однако в своем кругу генерал рассказывал, что Маленков впал в истерику и заявил: «Что же, вы хотите нас на колени поставить перед этими преступниками? Ведь приговор по этому делу апробирован народом, этим делом Политбюро ЦК занималось три раза. Выполняйте решение Политбюро». Реплика Маленкова показывает, что смертный приговор членам ЕАК был вынесен не в одночасье. Даже «на самом верху» по этому вопросу возникали какие-то разногласия, если понадобилось возвращаться к нему несколько раз. Кого-то из членов Политбюро, очевидно, пришлось убеждать в необходимости такого шага. Во всяком случае, это были не Сталин и не Маленков.

В материалах июньского 1957 года Пленума ЦК КПСС есть ответ Маленкова, который на вопрос генерального прокурора СССР Руденко, докладывал ли он Сталину о просьбе Чепцова доследовать «Дело ЕАК», заявил: «Все, что он сказал, я не посмел сказать Сталину».

Трудно себе представить, чтобы Сталин, как главный организатор этого процесса, целую неделю мог оставаться в неведении относительно того, что он остановлен. Скорее всего, что именно по его инициативе на Чепцова надавил Маленков, который выполнял поручение Сталина, поскольку именно он руководил деятельностью ЦК по борьбе с еврейскими националистами и космополитами.

Во время этой вынужденной паузы следователи безуспешно пытались склонить подсудимых к признанию своей вины, суля им смягчение приговора, обещая не репрессировать родственников. Однако все эти уловки не возымели действия.

22 мая 1952 года, когда суд по «Делу ЕАК» возобновился, допросы подсудимых, свидетелей и экспертов пришлось проводить уже в закрытом режиме в здании Военной коллегии на улице 25 Октября.

За исключением академика Л. Штерн, осужденной к лишению свободы и помещению в исправительно-трудовой лагерь, и умершего во время следствия С. Брегмана все подсудимые были приговорены к высшей мере наказания – расстрелу. Приговор был приведен в исполнение 12 августа 1952 года.