Пополнившие ряды военных контрразведчиков оперативники из территориальных органов НКВД и НКГБ, а также военнослужащие с командных и политических должностей армии и флота, не имели достаточной специальной подготовки, не владели информацией о методах и тактике действий противника, тем более в военное время. Армейским чекистам вновь, теперь уже в боевой обстановке, приходилось перестраивать свою деятельность.

В интересах подготовки оперативных сотрудников для территориальных органов НКВД-УНКВД, а также особых отделов с 17 декабря 1941 г. при Отделе кадров НКВД СССР (с местом дислокации в г. Куйбышеве) были организованы 3-месячные курсы по подготовке оперативного состава в количестве 500 человек [6. С. 92].

Для проведения занятий по специальным предметам в качестве лекторов привлекали оперативный состав управлений и отделов НКВД СССР и УНКВД по Куйбышевской области. По военным предметам в качестве преподавателей подбирали лиц из командного состава куйбышевского гарнизона. В боевых условиях и в ходе проведения специальных операций органы госбезопасности несли значительные потери. Только среди военных контрразведчиков с 22 июня 1941 г. по 8 октября 1942 г. погибло и пропало без вести около 8 тыс. человек [Там же. С. 90].

Комплектование особых отделов производилось из числа боевых проверенных на деле военнослужащих, способных по своим личным качествам обеспечить оперативную работу в условиях фронта. На должности оперуполномоченных и старших оперуполномоченных назначали сотрудников оперативных и неоперативных отделов НКВД. Их обучали в течение 2 месяцев без отрыва от основной работы. Для проведения занятий привлекали руководителей и оперативных работников НКВД – УНКВД, а также войск НКВД. В целях приобретения оперативных навыков кандидатами, их в ходе учебы прикрепляли к особым отделам.

В 1942 г. в связи с возросшей потребностью в оперативном составе органов НКВД СССР принято решение увеличить общую численность слушателей оперативно-чекистских школ с 2 000 до 3 600 человек. В этих целях: организованы Московская МКШ на 300 человек, Бакинская МКШ на 150 человек и филиал Высшей школы НКВД СССР на 500 человек; увеличена численность слушательского состава Высшей школы НКВД СССР – с 500 до 800 человек; Горьковской МКШ – с 300 до 400; Свердловской МКШ – с 300 до 350 чел.; Ташкентской МКШ – с 250 до 300 чел.; Ростовской МКШ – с 250 до 300 чел.; Хабаровской МКШ – с 200 до 250 чел.; Тбилисской МКШ – со 100 до 125 чел.; Алма-Атинской МКШ – со 100 до 125 человек [6. С. 95]. Несмотря на большие потребности в кадровых ресурсах, Отдел кадров НКВД не снижал требования к качественному состоянию личного состава. Свидетельством этого являются Директивы заместителя Наркома внутренних дел СССР по кадрам: от 17 июня 1942 г. № 40/4/23200, от 27 августа 1942 г. № 360, а также указание Отдела кадров НКВД СССР от 14 октября 1942 г. № 445 [Там же. С. 99]. При этом от кадровых подразделений НКВД – УНКВД, а также начальников особых отделов требовалось улучшить качество спецпроверок личного состава органов госбезопасности и кандидатов на службу и обеспечить проведение медицинского освидетельствования всех поступающих на службу граждан.

Необходимо отметить, что ведомственные образовательные заведения испытывали нехватку преподавательского состава. Отделом кадров НКВД СССР был предложен вариант решения данной проблемы – привлечение к процессу обучения наиболее квалифицированных специалистов органов госбезопасности. В этих целях 18 февраля 1942 г. приказом заместителя Наркома внутренних дел лекторами и преподавателями Высшей школы НКВД были утверждены руководители и сотрудники контрразведывательных и разведывательных подразделений центрального аппарата (всего 76 человек) [Там же. С. 96].