С началом антитеррористической операции США и их союзников в Афганистане отряды ИДУ были разгромлены и понесли существенные потери, а сам Джума Намангани погиб.
Однако затем ИДУ перегруппировалось и создало новые базы в племенных районах Пакистана. На некоторое время террористические акции в Узбекистане прекратились.
2004 год. В этом году кровавые акции в Узбекистане возобновились. 28–30 марта в Ташкенте, Бухарской и Ташкентской областях совершены очередные террористические акты, повлекшие многочисленные человеческие жертвы. Произошедшие события разворачивались следующим образом.
28 марта, 22.00. В одном из частных домов кишлака Кахрамон Ромитанского района Бухарской области произошел взрыв, повлекший смерть 10 членов этой семьи и других граждан, в том числе малолетнего ребенка. Сам хозяин дома и трое его домочадцев получили телесные повреждения.
При осмотре места происшествия в доме были обнаружены и изъяты 50 пластмассовых поллитровых емкостей, начиненных самодельной взрывчатой смесью из алюминиевого порошка и селитры, 920 кг алюминиевого порошка, различные средства радиосвязи (рации) и комплектующие к ним. Также найдены инструкции по изготовлению взрывных устройств, автомат Калашникова, два пистолета с большим количеством боеприпасов к ним, литература религиозно-экстремистского содержания, разъясняющая смысл устремлений организаций «Хизб ут-Тахрир» и «Ваххабий».
28 марта, 22.30. На территории Хамзинского района Ташкента сотрудниками дорожно-патрульной службы органов внутренних дел была остановлена автомашина «Жигули». Находившиеся в машине два пассажира оказали активное сопротивление сотрудникам милиции и, бросив две хозяйственные сумки, пытались скрыться с места события. Одного из них удалось задержать. В сумках были обнаружены 10 самодельных взрывных устройств.
29 марта, 1.40. Вблизи Ташкентского текстильного комбината «Тоштукимачи» вооруженная огнестрельным оружием группа совершила нападение на двух сотрудников милиции, один из которых в результате полученных ранений скончался, другой в тяжелом состоянии госпитализирован. Преступники завладели табельным оружием одного из милиционеров и скрылись с места происшествия.
29 марта, 5.00. На милицейском посту «Гульсанам» Мирзо-Улугбекского района Ташкента неизвестные лица застрелили двух сотрудников милиции и захватили их табельное оружие.
29 марта, 8.00. У входа в магазин «Детский мир», расположенный на территории ташкентского рынка «Чорсу», женщина-смертница произвела взрыв. В результате теракта 21 человек, в том числе 11 сотрудников милиции, получили различные телесные повреждения. Сама террористка, два работника милиции и один малолетний ребенок скончались на месте.
29 марта, 8.30. На автобусной остановке рядом с рынком «Чорсу» вторая женщина-смертница произвела взрыв, от которого сама террористка скончалась на месте. Попытавшийся предотвратить теракт милиционер от полученных ранений скончался в больнице.
В ходе этих терактов погибли 19 человек, в том числе шесть сотрудников милиции, 26 человек получили телесные повреждения. В Ташкенте и Бухаре взрывные устройства были приведены в действие практически одновременно. Как позже заявили в Генеральной прокуратуре Узбекистана, готовился еще один взрыв, но бомба сдетонировала раньше времени.
30 марта, 8.00. На посту ГАИ при въезде в Ташкент со стороны поселка Ялангач Кибрайского района взорвалась легковая машина «Тико», начиненная взрывчаткой. Вслед за этим раненая женщина попыталась сесть в рейсовый автобус № 101, но не успела. Тогда она взорвала себя.