В Коканде сотрудники местного отдела милиции три дня отражали ожесточенный натиск погромщиков, но не выдали несколько турецких семей, которые они укрыли в помещении райотдела. Несколько десятков тысяч турок, которым удалось спастись от погромщиков, взяла под охрану расквартированная под Ферганой советская воздушно-десантная дивизия. Беженцев разместили в палатках на территории учебно-тренировочного полигона и там охраняли, хотя сами десантники в события не вмешивались. Порядок наводили части внутренних войск, прибывшие из разных регионов СССР.

Понадобилось около двух недель, чтобы потушить пожар насилия, быстро распространявшийся по всей Ферганской долине. Следом за Ферганой погромы начались в Намангане и Андижане, а затем перекинулись на Ташкентскую область. Окончательно успокоить ситуацию удалось только после того, как практически все турецкие семьи из Ферганской долины были вывезены из Узбекистана. Незначительная их часть попала на юг Казахстана, большинство доставили в южные области России.

Официальную оценку событиям 1989 года дал глава советского правительства Николай Рыжков, который приезжал в зону конфликта. Он обвинил в произошедшем «коррумпированные силы», стремящиеся остановить проведение реформ в Узбекистане.

Особенно строгим проверкам правоохранительных органов СССР в тот период подверглась Ферганская долина.

В 1992 году в Узбекистане вновь прошли крупные социальные волнения, в организации которых были обвинены функционеры «Бирлика» и отпочковавшейся от него партии «Эрк» («Воля»). В республике началась борьба с оппозицией, возникшей на волне демократических процессов конца перестройки. Она завершилась ликвидацией института легальной оппозиции, что постепенно привело к появлению на территории Узбекистана подпольных экстремистских организаций, таких как Исламское движение Узбекистана (ИДУ) и отделения международной исламской партии «Хизб ут-Тахрир аль-Ислами» («Исламская партия освобождения»), целью которых является построение всемирного халифата. Политические противники Ислама Каримова обвинили президента в установлении тоталитарного режима и совершили ряд кровавых акций против представителей власти (убийства милиционеров, поджоги домов в Ферганской долине и т. д.). Считается, что организованные властями Узбекистана гонения на неофициальный ислам лишь усиливают фундаменталистские настроения.

В феврале 1999 года у ташкентских правительственных зданий произошло пять взрывов, в результате которых погибли 16 и были ранены более ста человек. Власти Узбекистана квалифицировали теракты как покушения на Ислама Каримова и ответственность за произошедшее возложили на ИДУ и партию «Эрк». После терактов сотни жителей Ферганской долины были осуждены по подозрению в связях с запрещенными исламскими организациями. На протяжении 1999–2001 годов угроза вторжения боевиков-исламистов на территорию Узбекистана (в столичную Ташкентскую, Кашкадарьинскую и Сурхандарьинскую области) из Таджикистана и Киргизии возникала неоднократно. Летом 2000 года в окрестностях Андижана шли ожесточенные бои между правительственными войсками и экстремистами из группировки ИДУ. Тогда исламисты были разгромлены.

Весной и летом 2004 года Узбекистан вновь накрыла волна террористических актов. В течение трех последних дней марта в Ташкенте, а по некоторым данным, и в других городах Узбекистана, произошли серии взрывов (на ташкентском рынке Чорсу, у столичного магазина «Детский мир», в частном доме в кишлаке Кархамон Бухарской области и в других местах). Были совершены нападения на милицейские блокпосты, отмечены уличные бои, а в столичном пригороде Ялангач правоохранительные органы были вынуждены провести спецоперацию против бандформирования, состоявшего не менее чем из 20 человек.