Воцарилось смятение. Идея вступить в бой с врагом, похоже, никому не пришла в голову, хотя было бы разумно отметить, что парусники могли компенсировать турецкое превосходство в галерах. Обсуждался единственный вопрос: христианский флот должен уйти незамедлительно или можно отложить уход на некоторое время и погрузить остальные войска. Дориа и, очевидно, большинство остальных командиров хотели уйти сразу, но Мединасели настоял, чтобы флот задержался еще на один день, рассчитывая, что турки сначала пойдут в Триполи. Решение оказалось роковым. Пиали-паша привел свой флот к берегу у Пало-дель-Секо, но оттуда повернул не на восток к Триполи, а вернулся к Джербе с попутным ветром. На рассвете 11 мая весь турецкий флот оказался в пределах видимости – в нескольких милях против ветра.

Теперь по крайней мере в одном вопросе христиане были единодушны: их единственная цель – спасение, но даже при этом они не пытались действовать вместе, как единый флот, а бежали каждый сам по себе. Дориа, предполагаемый командир морской части экспедиции, судя по всему, совершенно потерял голову. Он уже был в море, но почему-то не попытался спастись. Дориа повернул, направился в бухту, его корабль сел на мель, и он покинул флагманский корабль, перебравшись на берег. Многие галеры последовали примеру флагмана, но лишь некоторым удалось обрести временную безопасность за стенами форта. Другие корабли выбрасывались на берег, а команды разбегались. Мальтийские галеры сопровождали Мединасели и находились ближе, чем другие, к берегу, когда была объявлена тревога. Вице-король – следует отдать ему должное – отказался воспользоваться возможностью побега и присоединился на берегу к своим солдатам, предоставив Мальдонату свободу позаботиться о кораблях. Тот направился на север между островами Керкенна и тунисским берегом, и те галеры, которые еще не были отрезаны противником, последовали за ним. Часть турецкого флота начала преследование, другая – стала разбираться с оставшимися галерами. Историки разных флотов заявляли, что их контингенты рисковали или пожертвовали своими шансами на спасение, чтобы прикрыть более медленные корабли своих эскадр, но истина, вероятнее всего, заключается в том, что каждый делал все от него зависящее, чтобы спастись, не обращая внимания на остальных. Одной из последних жертв стал папский флагманский корабль, у которого сломался грот-рей именно тогда, когда имелись неплохие шансы спастись. Турки остановились, чтобы осмотреть этот важный приз, и в этом смысле папский корабль действительно прикрыл отход остальных.

Сципион Дориа, командир пяти галер Антонио Дориа, вел разведку, когда появился турецкий флот, и бежал, не дожидаясь развития событий. Мальдонат, приняв на борт воду у Махдии, 14 мая прибыл на Мальту с тремя галерами и обнаружил, что Сципион Дориа опередил его на несколько часов и уже успел доложить, что весь флот потерян. Другие уцелевшие корабли направились прямо в Трапани, что на Сицилии, и были там к 15-му числу. Мединасели, Джанандреа Дориа и еще несколько офицеров выбрались с Джербы на одном из мелких кораблей в ночь на 11-е и прибыли на Мальту 15-го. На следующий день они тоже отплыли на Сицилию.

Всего, включая 7 галер, которые нашли убежище под защитой орудий форта и были или уничтожены христианами во время осады, или захвачены турками после ее окончания^>4, объединенный флот потерял 27 галер^>5, около половины парусников и почти все мелкие суда. Форт, гарнизон которого благодаря беженцам стал вдвое больше той численности, на которую были рассчитаны припасы, продержался до конца июля. 30-го числа его командир, Альваро де Санде, совершил последнюю отчаянную вылазку, которая привела к тому, что его, находящегося на борту одной из трех оставшихся галер, оттеснили и отрезали на ней. На следующий день гарнизон, оставшийся без командира, сдал форт противнику, и его доблестному командиру пришлось последовать примеру своих людей.