В это время Гарсия де Толедо занимался в основном защитой Мальты и Голетты. Две его галеры имели столкновения с турками возле Занте 24 июля, а Дориа со своими 12 галерами – в районе Паксоса, недалеко от Корфу, 14 июля, сразу после того, как они прошли. Но из-за недостатка портов на юге Италии он не желал предпринимать никаких масштабных действий в направлении Адриатики. Наконец 20 августа он вышел из Мессины с 80 галерами, но лишь для того, чтобы вернуться уже 22-го, узнав, что о противнике не слышали с 6-го числа и, вероятно, турки ушли к Превезе. Позже это подтвердилось. Поэтому он «уволил» Дориа и флорентийцев, отправил небольшую эскадру к Голетте и больше ничего не стал предпринимать.

Четыре мальтийские галеры под командованием Педро де Мендосы должны были войти в объединенный флот, но опоздали. Другие крейсировали в Леванте в поисках трофеев и рабов. Так продолжалось несколько лет. Помимо этого, христиане ничего не делали. В 1567 году турецкий флот овладел Наксосом, где издавна у власти пребывал венецианский род, а в 1569 году Пиали снова двинулся к Валоне, имея около ста галер.

Осенью 1567 года Гарсия де Толедо ушел со своего поста генерал-капитана. Его преемником стал Дон Хуан Австрийский, побочный сын Карла V, а значит, сводный брат Филиппа II. В 1568–1569 годах новый командующий был занят на западе, сначала выполняя рутинные обязанности в районе пролива, затем подавляя мавританское восстание на юге Испании. В его отсутствие не получилось создать сильный флот в итальянских водах по причине споров из-за старшинства.

Тосканский командир Альфонсо д’Аппиано, хотя и был готов сотрудничать с Хуаном де Кардоной, генералом сицилийской эскадры, отказывался признавать Дориа в качестве лейтенанта генерал-капитана. Поэтому он увел 10 своих галер из Мессины в Ливорно. Позднее, в 1569 году он служил под командованием Луиса де Рекесенса, назначенного Доном Хуаном лейтенанта, и упрямство этого офицера обернулось потерей половины эскадры во время шторма в Лионском заливе вместе с другими итальянскими галерами.

Ожидаемая атака на Голетту имела место в начале 1570 года, но со стороны суши. Улуч Али, в 1568 году ставший наместником в Алжире, в конце 1569 года вторгся в Тунис. Он вынудил непопулярного Хасана искать убежища у испанских покровителей в Голетте и осадил крепость. Когда новость об этом достигла Сицилии, мальтийские галеры находились в Мессине – готовились сопровождать парусники с провизией на Мальту. Новый вице-король, маркиз де Пескара, настоял, чтобы этот флот использовался для освобождения оказавшегося под угрозой аванпоста, поскольку о нуждах Мальты можно позаботиться позже. Плохая погода и болезни на некоторое время задержали экспедицию, но в апреле она все-таки вошла в Голетту и обнаружила, что ее гарнизон вполне способен постоять за себя. 1 мая мальтийские галеры вернулись домой, и спустя несколько дней всем тревогам относительно судьбы Мальты пришел конец. Стало точно известно, что турецкий флот, приготовления которого встревожили все Средиземноморье, собирается атаковать Кипр.

28 февраля 1570 года турецкий посол в Венеции потребовал немедленной сдачи острова, который республика, как преемник длинной череды христианских королей, удерживала с 1489 года. Требование было с негодованием отвергнуто, закономерным следствием чего стала война. Между прочим, вероятность такого требования признавалась довольно-таки высокой. Время должно было решить, когда требование будет выдвинуто и как встречено. Что касается первого аспекта, представляется вероятным, что на решение султана оказала некоторое влияние информация о пожаре в венецианском арсенале, произошедшем в сентябре 1569 года. В действительности было уничтожено только четыре галеры, но слухи многократно преувеличили ущерб. Якобы имевшее место ослабление венецианского флота предполагало, что момент для нападения на зависимое государство, которое он должен защищать, весьма удачный.