Первое деревянное здание новой обители – Спасо-Преображенская церковь – была на том месте, где сейчас стоит главный храм монастыря – Спасо-Преображенский собор. Постепенно, в упорных трудах, обитель росла, увеличивалось число монахов, расширялось ее влияние. Поморы-промысловики были недовольны возникновением монастыря, постепенно занимавшего все новые территории. Но преподобный Зосима, ставший игуменом, добился от новгородских властей грамоты, подтверждавшей вечное право обители на владение всем Соловецким архипелагом. Северную святыню поддерживали многие известные и богатые люди того времени. В числе благодетелей Соловецкой обители была и Марфа Посадница.

К середине XV века монастырь имел две церкви, звонницу, кельи, множество хозяйственных построек. Но все дотла выгорело в 1485 году, а потом в 1538 году были выжжены новым страшным пожаром вновь отстроенные церкви, жилые и хозяйственные постройки. И тогда началось каменное строительство. Первым был построен Успенский собор с трапезной палатой и келарской. Особенность собора, как и других монастырских построек XVI века, – внутренний уклон наружных стен. На третьем этаже собора – два придела: Усекновения главы Иоанна Предтечи и Великомученика Димитрия Солунского. К собору примыкает огромная квадратная трапезная. Она вмещала более 400 человек. Успенский собор с прилегающими к нему зданиями задумывался одновременно и как оборонительное сооружение. Храм, трапезная и келарская соединялись между собой переходами.

В 1556–1566 годах шло строительство Спасо-Преображенского собора. Это уникальный памятник древнерусской архитектуры. Он также строился храмом-крепостью: к зданию собора, имеющему кубический объем, по углам пристроены приделы, напоминающие башни.

Успенский и Спасо-Преображенский соборы соединялись подземным ходом, позже – и наземной галереей.

При игумене Филиппе монастырь стал одним из лучших и богатейших монастырей. Иван Грозный привечал деятельного игумена. По его инициативе Филипп стал митрополитом Московским и всея Руси, но оставался им менее двух лет, т. к. противостал царю, открыто осуждая опричнину, убийства и грабежи. Он был лишен сана митрополита, заточен в Отроч монастырь и задушен опричником Малютой Скуратовым.

В 1584 году началось строительство крепости, которым руководил монах Трифон. Шло оно 14 лет. Длина стен – 1084 м, ширина у основания – 6 м, и 3–4 м вверху. Фундамент, на котором возводились стены, достигал глубины 2,5 м. Почти все стены и башни были выложены из природных гранитных валунов. В крепость вели семь ворот.

С сооружением укреплений в монастыре окончательно формируется архитектурный ансамбль, постройки последующих веков лишь дополняют его. В XVIII веке была построена трехярусная колокольня. В XIX веке приобрела свой окончательный вид Никольская церковь, возведенная еще в XVI веке.

В конце XIX века на островах Соловецкого архипелага, где с течением времени возникали скиты и пустыни, насчитывалось 24 часовни.

Драматичная история Соловецкой обители хранит память о восстании монахов, не принявших Никоновой реформы. Восемь лет сопротивлялся монастырь-крепость правительственным войскам, пока один из монахов не показал осаждавшим тайный ход. Тогда было казнено около 400 человек.

Соловецкий монастырь служил местом ссылки Максима Грека, Авраамия Палицына, Симеона Бекбулатовича, Василия Долгорукова, Петра Толстого и других.

Не раз монастырским стенам и их защитникам приходилось отражать атаки интервентов. С позором удалилась от стен Соловецкой крепости английская эскадра, подвергшая обитель девятичасовой артиллерийской атаке. Около 1800 ядер и бомб, выпущенных из английских орудий, лишь незначительно повредили стены и башни, а из защитников вообще никто не пострадал.