В этот период капитаны полков нового строя в большинстве уже не иностранцы, а русские; к 1674 г. русские офицеры командовали шестью рейтарскими полками из восьми. Это показывает, что линия патриарха Филарета на подготовку отечественных кадров путем постоянного обучения и обогащения передовыми достижениями иноземцев была реализована. Ее продолжили царственные сын и внук многоопытного старца.

В 1647–1648 гг. переведен на русский язык военный трактат И. Я. фон Вальхузена «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей». Перевод осуществили в московском Андреевском монастыре Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский и другие «словесники», собранные боярином Ф. М. Ртищевым[100]. Этот факт также подтверждает, что в описываемый период монастыри продолжали оставаться не только духовными, но и специальными военно-политическими центрами Российского государства.

Единообразных штатов воинских частей в то время еще не существовало: полки иноземного строя делились на роты и капральства, а стрелецкие – по-прежнему на сотни и десятки. В кавалерии создавались не только рейтарские и драгунские, но и слободские казачьи полки. Один из таких полков – Ахтырский казачий, сформированный в 1651 г., в дальнейшем был преобразован в Ахтырский гусарский. Во время Отечественной войны 1812 г. полк под командованием Д. Давыдова получил известность, активно участвуя в боевых действиях.

Алексей Михайлович прекрасно усвоил печальный опыт мудрого деда. Начавший свою «карьеру» при Федоре Ивановиче, тот познал цену высших государственных секретов: вынужденно принял постриг, спасая себя и свое потомство от неминуемой «тайной» смерти. Умение построить надежную систему безопасности высших интересов государства, воплощенных в планах государя, олицетворяющего высшую власть, – настоящее искусство.

В числе наиболее доверенных лиц «тишайшего» царя был его «дядька» (воспитатель) боярин Б. И. Морозов[101]. О влиянии Морозова говорит тот факт, что его подпись под Соборным уложением 1649 г. – первая среди подписей вельмож и четырнадцатая по общему списку (после подписей государя, патриарха и двенадцати высших иерархов Церкви). В 1645–1648 гг. он фактически являлся главой правительства. Собирание «под рукой» Б. И. Морозова важнейших приказов Большой казны, Стрелецкого, Иноземного и Аптекарского свидетельствует о его посвященности в большинство государственных секретов (за исключением, может быть, тайных дел самого государя). Когда в ходе Соляного бунта 1648 г. восставшие потребовали выдачи Морозова, царь укрыл его в своем дворце, а затем отправил на четыре месяца в фиктивную ссылку в монастырь.

С 1649 г. главой правительства, руководителем приказов Большой казны, Стрелецкого, Иноземного и Аптекарского и созданного в 1649 г. Рейтарского приказа становится тесть царя боярин И. Д. Милославский[102].

Уроки Смутного времени и восстания (бунты) 1648 г. (Москва, Томск, Сольвычегодск, Устюг), 1650 г. (Псков и Новгород) позволили молодому самодержцу сделать вывод, что его личная безопасность неразрывно связана с безопасностью государства, им управляемого. Относясь с недоверием к боярской верхушке и продолжая традицию Ивана Грозного, Алексей Михайлович приближал к себе людей «худородных», определял их на службу в личную канцелярию, в 1654 г. реорганизованную в приказ Тайных дел (Тайный приказ). Приказ находился в непосредственном подчинении государя и выполнял интегрированные функции контрольной, следственной, дипломатической, шифровальной, оперативной и охранной царской спецслужбы.

С 1663 г. к приказу Тайных дел перешла часть функций приказа Большого дворца по управлению царским хозяйством, охране и обслуживанию царской семьи. Любое блюдо, прежде чем попасть на царский стол, подвергалось проверке и дегустации сотрудниками приказа. Аналогичной проверке подвергались лекарства, прописанные царю и изготовляемые в Аптекарском приказе, преобразованном еще при Борисе Годунове из учрежденной в 1581 г. Аптекарской палаты; первым дегустатором лекарств являлся царский лекарь. В 1657 г. Аптекарский двор перенесен из Московского Кремля. В районе современного Петровского парка у станции метро «Динамо» был заложен Аптекарский огород, где под присмотром доверенных монастырских специалистов выращивались лечебные травы и растения для «пользования особы государя и лиц доверенных». На отдельных грядках культивировали растения для получения «особых зелий для дел государевых». Таким образом, огород был своего рода лабораторией по приготовлению наисовременнейших по тем временам лекарств и ядов, использовавшихся на тайной государевой службе. Еще один огород располагался в с. Измайловское.