На основании Постановления Президиума ЦК КПСС и Совета Министров СССР № 134—46 от 5 февраля 1960 года «О внесении изменений в структуру КГБ при СМ СССР и его органов на местах и сокращении их штатной численности» (объявлено 11 февраля приказом КГБ № 0026) в Центральном аппарате КГБ при СМ СССР произошли следующие изменения:

упразднены 4‑е (секретно-политическое), 5‑е (контрразведывательная работа в промышленности) и 6‑е (контрразведывательная работа на транспорте) управления, а их функции и кадры переданы в состав Второго главного управления; как свидетельствует первый заместитель председателя КГБ СССР генерал армии Филипп Денисович Бобков, в то время начальник 1‑го отдела (антисоветское подполье) 4‑го (секретно-политического) Управления КГБ при СМ СССР: «С конца 1959 года структура Комитета была выстроена таким образом, что от внутренних проблем КГБ был отстранён – при Хрущёве были ликвидированы все структуры, которые занимались их изучением»;

3‑е Главное управление (военная контрразведка) было преобразовано в 3‑е Управление;

Следственное управление было реорганизовано в Следственный отдел;

отдел учебных заведений Управления кадров был упразднен.

В результате структура Центрального аппарата КГБ при Совете Министров СССР приобрела следующий вид:

➢ 1‑е Главное управление (внешняя разведка),

➢ 2‑е Главное управление (контрразведка),

➢ 3‑е Управление (военная контрразведка),

➢ 7‑е Управление (наружное наблюдение и охрана дипкорпуса),

➢ 8‑е Главное управление (шифровально-дешифровальное),

➢ 9‑е Управление (охрана руководителей партии и правительства),

➢ ОТУ (оперативно-техническое управление),

➢ Управление кадров,

➢ Следственный отдел,

➢ УАО (учётно-архивный отдел),

➢ ГУПВ (Главное управление пограничных войск),

➢ ХОЗУ (хозяйственное управление),

➢ ОПС (отдел правительственной связи),

➢ ФПО (финансово-плановый отдел),

➢ Моботдел,

➢ Секретариат КГБ при СМ СССР,

➢ Группа при председателе КГБ при СМ СССР по изучению и обобщению опыта работы органов госбезопасности и данных о противнике (создана 23 июня 1959 года вместо упраздненной Инспекции при председателе КГБ при СМ СССР).

9 января 1959 года Президиум ЦК КПСС утвердил «Положение о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах», которому был присвоен гриф «Строго секретно». Согласно этому положению, КГБ провозглашался политическим органом, работающим под полным контролем ЦК КПСС. В частности, в Положении говорилось:

1. Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органы на местах являются политическими органами, осуществляющими мероприятия Центрального Комитета партии и Правительства по защите Социалистического государства от посягательств со стороны внешних и внутренних врагов, а также по охране государственной границы СССР.

…3. Комитет государственной безопасности работает под непосредственным руководством и контролем Центрального Комитета КПСС. Комитет госбезопасности при СМ СССР несет ответственность за обеспечение государственной безопасности в стране и систематически отчитывается о всей проводимой им работе перед ЦК КПСС и Советом Министров СССР.

Задачи и обязанности Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органов на местах:

…7. На Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его местные органы возлагаются:

а) разведывательная работа в капиталистических странах;

б) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведывательных органов, зарубежных антисоветских центров и с их агентурой внутри страны;