В соответствии с новой структурой управления, которая была объявлена приказом НКГБ № 0014 от 16/21 мая 1943 года, Горбатенко назначается старшим оперуполномоченным 2‑го отделения, а с 7 августа 1945 года – помощником начальника 1‑го отделения 6‑го отдела (работа в освобожденных от противника районах, розыск изменников Родины, борьба с националистическим подпольем) 2‑го Управления НКГБ СССР.
15 июня 1946 года капитан госбезопасности (что соответствовало армейскому званию подполковника) Горбатенко был назначен начальником 3‑го, с 17 сентября 1947 года – 4‑го отделения Отдела «2‑Б» (контрразведывательные операции против США) 2‑го Главного управления МГБ СССР, а 20 января 1950 года становится заместителем начальника этого отдела, который 25 декабря 1951 года был переименован в 1‑й (американский) отдел. Еще одним заместителем начальника этого отдела был товарищ Горбатенко по Ленинградской межкраевой школе НКВД Борис Семёнович Иванов – будущий резидент КГБ в Нью-Йорке и заместитель начальника внешней разведки ПГУ КГБ СССР. Помощником начальника того же отдела был подполковник Михаил Георгиевич Матвеев, сыгравший важнейшую роль в разоблачении Пеньковского – портрет его висит во главе соответствующего стенда в музее ФСБ России. Иначе как «классикой» эту троицу: Горбатенко, Иванов, Матвеев – и не назовёшь.
21 сентября 1953 года полковник Горбатенко становится начальником 1‑го (американского) отдела, вначале в составе 1‑го Главного управления МВД СССР, а с 18 марта 1954 года – в составе 2‑го Главного управления КГБ при СМ СССР. Заместителем Горбатенко был назначен полковник Матвеев. Непосредственным их начальником был уже известный нам Олег Михайлович Грибанов. 17 ноября 1958 года полковник Горбатенко становится заместителем генерал-майора Грибанова.
После всех потрясений, связанных с бегством Носенко – а он, как мы знаем, одно время был сотрудником американского отдела – и отставкой Грибанова, 27 февраля 1965 года Горбатенко был назначен начальником Службы № 2 (аналитической), преобразованной в 1967 году в Управление «А» Второго главка КГБ при СМ СССР. Одновременно генерал-майор Горбатенко становится заместителем начальника Второго главка.
В своих воспоминаниях мой отец пишет: «Горбатенко А.М. пригласил меня на обратном пути из Киева в Тюмень встретиться с ним во Втором Главном управлении и конкретно обсудить вопрос о моей дальнейшей работе. Было намечено два возможных варианта: практическая работа в Службе “А” ВГУ КГБ СССР или обучение в очной аспирантуре ВШ КГБ им. Ф.Э. Дзержинского. После этого почти все преподаватели по спецдисциплинам киевских курсов стали проявлять ко мне повышенный интерес. Иногда даже на несколько часов закрывали меня в кабинете, чтобы я сочинял демаскирующие признаки различных этапов “движения” агентов-нелегалов… После окончания курсов я заехал в Москву, встретился с А.М. Горбатенко. Он принял меня как старого знакомого. Решили, что я поступаю в очную аспирантуру на кафедру контрразведки, которой руководил В.И. Масленников, и буду тесно сотрудничать с работниками Службы “А”».
Вскоре произошло событие, которое во многом повлияло на расклад сил в стране, подняло статус органов государственной безопасности на качественно новый, более высокий уровень и определило в том числе и судьбу нашей семьи. 18 мая 1967 года Семичастный был снят с должности председателя КГБ при СМ СССР и на его место по предложению Леонида Ильича Брежнева единогласно на заседании Политбюро ЦК КПСС был назначен Юрий Владимирович Андропов. Семичастного отправили назад на Украину на малозначительный пост первого заместителя председателя СМ УССР. Можно, конечно, сказать, что Брежнев поступил с приведшим его к власти Семичастным так же, как и Хрущёв поступил со своим ближайшим соратником Серовым. Что Брежнев боялся тандема Шелепин – Семичастный в той же мере, как и Хрущёв опасался силового блока Жуков – Серов. Однако это лишь субъективные факторы, которые, конечно, никогда нельзя сбрасывать со счетов, но нельзя и преувеличивать их значение. В действительности для выдвижения Андропова – новой восходящей звезды на небосводе Лубянки, – были гораздо более глубокие объективные причины, скрытые от глаз сторонних наблюдателей за великолепным фасадом бывшего здания страхового общества «Россия» на площади Дзержинского и доступные только профессионалам.