Снова и снова обсуждается вопрос о том, насколько информативными в принципе являются исследования, которые основываются на анализах кала.

«Все больше и больше признания получает утверждение о том, что мы имеем дело по меньшей мере с двумя отделами – стулом и кишечной стенкой», – объясняет Штефан Отт, руководитель рабочей группы по изучению бактериальной метагеномики в Университетской клинике Шлезвиг-Гольштейн. Он считает пробы ткани более информативными, чем кал. Поскольку тот может «выглядеть абсолютно иначе на следующий день». Тем не менее иногда наука должна быть прагматичной. Анализы кала можно получить легко и дешево, биоптаты – нет. Взятие анализов кала – при условии соблюдения гигиены – абсолютно безопасно, биоптатов – нет. Мы проводим исследования с тем, что можно достать, и радуемся, если для того или иного эксперимента имеется достаточное количество добровольцев, которые жертвуют кусочком своей кишечной стенки ради науки.

Такое ограничение не делает работу ученых легче. Кишечник и без того является труднодоступной территорией. Большое число его жителей приспособилось к жизни в условиях отсутствия кислорода. Как только они вступят в контакт с воздухом, то умрут. Это означает, что каждую пробу вне зависимости от ее происхождения следует рассматривать строго в анаэробных условиях. С этой проблемой также борются различные симуляторы кишечника, которые в настоящий момент используются в научно-исследовательских целях. В них проводятся эксперименты по культивированию бактерий пищеварительного тракта, чтобы иметь возможность исследовать их в контролируемой системе – пока с весьма ограниченным успехом. Штефан Отт, например, использовал один из самых усовершенствованных искусственных кишечников, чтобы исследовать, какое влияние оказывают анти- и пробиотики на бактерии в искусственно выращенном кале. Реактор в рамках данного эксперимента был загружен анализами кала различных доноров и затем снабжен лекарственными веществами. Из этого можно сделать выводы, что «на сегодняшний день это наилучшее приближение», говорит Отт, но «ни одна система до сих пор не располагает комплексностью кишечника».

Ни одна из таких реакторных систем не располагает порядком, который царит в кишечнике и который также всецело оказывает изрядное влияние на то, что обнаруживается в результате экспериментов. Потому как вполне возможно, что организация кишечника и его микробных жизненных пространств является значительно более сложной, чем мы подозреваем. Может быть, существуют другие ниши и резервуары для бактерий, а также места встречи для микробов и клеток тела и кто знает что еще.

Для систем, которые занимаются чем-либо, представляющим интерес, и при этом не вполне известно, каким образом, а также не известно, какие организационные принципы в них скрываются, кто-то однажды изобрел понятие «черный ящик». Фактически кишечник является не коробкой, а скорее трубопроводом. Но он все-таки по-прежнему представляет собой классическое таинство. При этом в самом начале все было еще вполне прозрачным. Однако это тема для следующей главы.

Мы с детства усвоили, что бактерии – это наши враги, из рекламы, от дяди доктора, из медицинских передач по телевизору. В этой книге мы постарается скорректировать такую точку зрения, используя несколько аргументов.

Чтобы лучше понять, что на самом деле логично не считать бактерии врагами, возможно, поможет небольшой мысленный эксперимент. Можно попытаться представить себе, что же произошло за несколько миллиардов лет эволюции с нашими предками и предками наших бактерий.