Вопрос о справедливости войны помещается Пуфендорфом в контекст его теории естественного права. Исполнение естественных законов, которые открываются разумом, может потребовать применения насилия. Однако в соответствии с основным естественным законом конечная цель справедливой войны заключается в восстановлении состояния мира.
К справедливым причинам, уполномочивающим обращение к оружию, Пуфендорф относит защиту жизни и собственности, а также возвращение того, что причитается справедливой стороне по праву, и сбор репараций[179]. Стремление к обогащению и жажда власти квалифицируются в качестве несправедливых причин войны, а государства, ведущие несправедливые войны, приравниваются Пуфендорфом вслед за Августином к бандам разбойников[180]. Пуфендорф подчёркивает, что государство, даже обладающее справедливой причиной, должно столкнуться с явной угрозой собственной безопасности, чтобы в ответ применить силу. Превентивные войны, вызванные страхами и опасениями, не кажутся немецкому юристу справедливыми. Равно как и поспешное применение насилия даже при наличии справедливой причины. Война, во-первых, должна иметь под собой действительно серьёзную причину и, во-вторых, решение о ней следует принимать только ввиду невозможности решить конфликт переговорами или объективным арбитражем[181]. Эти положения подтверждают приверженность Пуфендорфа принципам пропорциональности и крайнего средства. И в них, как это определяет Р. Такк, открывается критика Пуфендорфом излишней агрессивности современных ему отношений между европейскими народами и колониальных завоеваний[182].
При обсуждении должного способа ведения войны Пуфендорф выступает как сторонник применения практически неограниченных средств достижения справедливой цели. Пуфендорф заявляет, что modus agendi в войне суть сила и ужас, террор (vis et terror)[183]. Единственным ограничителем выступают требования гуманности. Это обосновывается тем, что справедливость гражданских отношений и наказание за нарушение норм гражданского права обеспечивается беспристрастной властной инстанцией, занимающей доминирующее положение по отношению к индивидам, составляющим общество. Однако в международных делах не существует независимого судьи, обладающего властью и авторитетом большим, нежели власть государей. На них непосредственно перекладывается обязанность выступать в качестве судьи по отношению к нарушителю права и справедливо карать его. И всё же по природе своей человек наделён моральными добродетелями. Благоразумие заставляет его отказаться от чрезмерного насилия даже при наличии справедливого основания его применения. Моральные качества индивидов экстраполируются и на политические институты, поэтому государства также должны отказаться от необоснованной жестокости и агрессии в отношениях с другими государствами[184].
Примечательно, что особое значение Пуфендорф придаёт способу окончания войны ― она завершается заключением мирного договора, который в обязательном порядке должен быть ратифицировать всеми суверенами, вовлечёнными в конфликт. При этом соглашение удостоверяется клятвами, обменом заложниками и посредничеством сторонних государств[185].
В сочинениях Пуфендорфа, а также ещё одного немецкого философа ― Христиана Вольфа, постепенно закрепляется исключительно политическая и правовая интерпретация войны. Именно столкновения суверенных государств или гражданские войны начинают пониматься как войны в особом смысле слова, характерные только для политической жизни, в том время как частные войны или война всех против всех осмысляются как феномены, свойственные не только людям, но и животным