За эти годы Н. Е. Пестов не раз получал благодарности и поощрения за свои труды, но шел 1937 год.

Н. Пестов отказался выступить на собрании с осуждением арестованного ГПУ зав. кафедрой проф. Юшкевича, под непосредственным руководством которого он работал. За это был освобожден с работы в МХТИ им. Менделеева. Осталась работа в Научно-исследовательском институте по удобрениям (НИУИФ).

Летом 1939 г. Н. Пестов был избран по конкурсу заведующим кафедрой хим. технологии МИЭИ. Помимо этого с декабря 1942 г. по октябрь 1943 г. он был деканом химического факультета. С октября 1943 г. состоял заместителем директора по научной и учебной работе.

После защиты в январе 1941 года докторской диссертации «Физико-химические свойства порошкообразных и зернистых продуктов химической промышленности» в Академии наук СССР Н. Пестов был утвержден в степени доктора химических наук.

В годы войны Н. Е. Пестов вел интенсивную научную и педагогическую деятельность.

4 ноября 1944 г. Н. Е. Пестов был награжден орденом Трудового Кр асного Знамени, а в 1946 году – медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне».

Осенью 1943 г. на фронте погиб старший сын Н. Пестова – Николай. Позднее Николай Евграфович написал книгу «Жизнь для вечности» о погибшем сыне. К концу военных лет Николай Евграфович перестал скрывать свои убеждения. Все стены своего кабинета он завесил иконами, стал ходить в храм, не боясь встретить там своих сослуживцев.

После войны Н. Е. продолжал работать в МИЭИ и по совместительству – в НИУИФ, прервав эту работу за несколько лет до выхода на пенсию.

В конце 50-х годов Н. Е. Пестовым были написаны первые труды по богословию. Это были в основном выдержки из святых отцов и учителей Церкви по различным вопросам христианской жизни, объединенные в два тома под названием «Пути к совершенной радости», а также первая редакция книги «Над Апокалипсисом».

После ухода на пенсию всю свою духовную и физическую энергию Н.Е. сосредоточил на работе над основным своим богословским произведением – многотомной диссертацией «Пути к совершенной радости», или, как он еще ее назвал: «Опыт построения христианского миросозерцания».

Диссертацию Н. Е. начал писать еще во время войны. Первыми прочитывали его труды близкие ему люди, и прежде всех – Зоя Вениаминовна. Труды его вскоре стали пользоваться большим успехом и перепечатки их расходились по многим городам и селам России.

Люди тянулись к Н. Е., много времени уходило на прием посетителей. Старые друзья, молодежь, бывшие члены христианского студенческого кружка приходили к Н. Е. побеседовать, попросить почитать книги из его домашней духовной библиотеки. Н. Е. очень любил детей. И когда у дочери Наталии, которая стала женой священника, родилось двое сыновей, Н. Е. с радостью занимался внуками, особенно летом в Гребнево, где они с Зоей Вениаминовной снимали дачу недалеко от дочери.

Дедушка с радостью угощал внуков сластями, следил за их речью, заботился о спортивном развитии, а позднее, когда внуки подросли, стал вести с ними душеспасительные беседы.

Неукоснительно посещал Н. Е. храм Божий. Молился дома и вместе со всей семьей, с внуками и наедине. Его молитва была пламенной, он весь погружался в нее.

В 1973 году, вскоре после празднования золотой свадьбы, умерла супруга Н. Е. Зоя Вениаминовна. 50 лет прожили они в вере и единомыслии. Тяжело пережил утрату Н. Е. Он больше года без конца читал акафисты и каноны о упокоении души супруги.

В 1975 году Н. Е. переехал на новую квартиру, жизнь вокруг него била ключом, и Н. Е. снова стал живым и радостным.