Однако в середине 1990‑х годов ведомственное направление получило наибольшее распространение и влияние в историографии. Одним из главных авторов, изучающих советскую историю через ведомственный фокус, оставался Эдвард Рис. В 1995 году ученый опубликовал монографию «Сталинизм и советский железнодорожный транспорт», в которой представил новый институциональный кейс. В этот раз на примере Народного комиссариата путей сообщения (НКПС СССР) историк продолжил анализировать развитие ведомств в разветвленной структуре советской бюрократии. Он указывал, что после 1928 года в СССР сложилась политическая система из «множества внутриведомственных и надведомственных (intra-departmental and extra-departmental) контрольных органов для надзора за государственной бюрократией и обеспечения реализации политики»169. То есть Рис считал, что именно ведомства осуществляли контроль над советскими бюрократами, а не наоборот, следствием чего был повышенный бюрократизм. Тем не менее, по сравнению с прошлым анализом Рабоче-крестьянской инспекции, в новой книге Рис уже не распознавал в ведомствах самодостаточных игроков, хотя у них и сложилась «особая организационная идентичность» (distinct organisational identity).
Теперь историку казалось, что ведомства обладали только некоторой «институциональной автономией», ограниченной государственными задачами в экономической и оборонной сфере. Например, статус НКПС зависел от текущего положения наркома в Политбюро. Это проявилось в Большом терроре, направленном в первую очередь против ведомственного своеволия (так же, как у Уайтфилда), а не на кланы, как считала прежде ревизионистская историография. В такой конфигурации репрессивной машины успешность наркома определялась способностью подавлять существовавшее внутри ведомств противодействие воле Сталина, ограничивавшего «автономию» ведомств, а не умением отстаивать свои ведомственные интересы170. Ведомственность, как способность отдельных хозяйственно-производственных субъектов придерживаться собственных внутренних правил и норм в обход государственному давлению сверху, превращалась в обоснованную «автономию» ведомств, подпитывающую организационную идентичность. В обновленном подходе Риса такая «автономия» инициировала расширение горизонтальных связей. В формате top-down иерархии и отношений клиентелы ведомства взаимодействовали и конфликтовали на равных, чаще всего посредством «межведомственных комиссий». Таким образом, Рис показал, что ведомства выступали организаторами патрон-клиентских сетей, обеспечивая их бюрократической инфраструктурой.
В 1997 году под редакцией Риса вышла коллективная монография «Принятие решений в сталинской командной экономике». Эта книга лучше всего отражала сложившийся институциональный подход ведомственного направления в историографии, поскольку каждая статья в ней была посвящена основным комиссариатам, Политбюро, Совнаркому и Госплану в период второй пятилетки. Авторами книги выступили Роберт Дэвис, Олег Хлевнюк, Винсент Барнетт, Марк Таугер, Дерек Уотсон и Сергей Цакунов, которые в своих работах показали значительную роль ведомственных интересов в определении экономической политики. Во введении книги Рис специально выделил небольшой раздел о феномене ведомственности, обозначая его как идентичность и философию управленческих структур (Departmentalism: agency identity and agency philosophy)