Функции на региональном уровне сосредоточиваются в одном управленческом органе субъекта Российской Федерации и далее реализуются в управлениях сельского хозяйства районных АПК. Причем некоторые принципиальные управленческие решения осуществляются через постановления глав областных (краевых) и районных администраций.

В региональной системе управления АПК происходит конкретизация целевых программ развития отраслевого и межотраслевого характера, в формировании и реализации которых обычно сочетаются функции хозяйственного и государственного управления, хозяйственной инициативы, государственного регулирования и поддержки за счет финансовых ресурсов региона.

Особое значение в связи с этим приобретает разработка и реализация региональных моделей реформирования и функционирования АПК с адекватной управленческой системой. К числу таких моделей можно отнести области с теми или иными подходами к реформированию сельского хозяйства, применению новых решений в регулировании и стимулировании производства, разного рода интегрированные аграрные компании, корпорации, финансово-промышленные группы, внебюджетные фонды.

В недавно принятой Государственной программе развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013–2020 гг., являющейся базовым документом с точки зрения функционирования системы государственной поддержки аграрного сектора экономики, предусмотрено построение новой системы взаимоотношений с регионами. Как отмечает статс-секретарь, заместитель министра сельского хозяйства Российской Федерации А. В. Петриков, целью развития данного направления является стимулирование субъектов Российской Федерации к увеличению расходов на сельское хозяйство, усилению их ответственности за выполнение взятых обязательств, повышению прозрачности и эффективности расходования бюджетных средств [129].

В то же время в качестве одного из серьезных недостатков сложившейся системы государственного регулирования и поддержки сельского хозяйства специалисты отмечают практически полное отсутствие учета региональной специфики агропромышленного производства, присущей субъектам Российской Федерации. Так, Р. Янбых отмечает, что на 30 % территории страны преобладают крупные, корпоративные формы сельскохозяйственного производства, представленные различными типами агрохолдингов и агрофирм. Примерно такая же часть субъектов РФ характеризуется преимущественным развитием малых форм хозяйствования, а на оставшихся 40 % территории агробизнес имеет смешанную структуру [189]. При этом как действовавшие до текущего года документы, определявшие формы, размеры и условия предоставления государственной поддержки, так и текст новой Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013–2020 гг. включают унифицированный набор мероприятий, не предусматривающий учет имеющихся особенностей региона, а также различную степень доступности к бюджетным средствам сельхозтоваропроизводителей, имеющих разные организационно-правовые формы и масштабы деятельности.

Еще один аспект, связанный с территориальной спецификой, требует повышенного внимания. В регионах, а также отдельных районах внутри них, отличающихся неблагоприятными условиями для ведения сельскохозяйственного производства и соответственно низкой его эффективностью, средства государственной поддержки зачастую не выбираются, то есть данный ресурс остается недоиспользованным. В то же время таким территориям нередко грозит депопуляция, свертывание как сельскохозяйственного, так и других, связанных с ним видов производства, опустынивание, то есть предприятиям, размещенным в таких зонах, крайне нужны средства государственной поддержки. Очевидно, что для этих территорий необходима разработка специального комплекса мер социального характера.