В 1994–1995 гг. рост количества фермерских хозяйств замедлился, что обусловлено общими кризисными процессами в экономике страны, нерешенностью организационно – правовых, земельных, материально-технических, социальных других вопросов деятельности К(Ф)Х. Начался период дискриминации крестьянских (фермерских) хозяйств, хотя в силу инерции люди все еще стремились стать фермерами. Из огромной массы официально зарегистрированных фермерских хозяйств многие использовали юридическую форму для получения налоговых льгот, не имея при этом ни поголовья скота, ни площадей под сельскохозяйственными культурами. Это не могло не сказаться отрицательно на формировании и развитии фермерского уклада в нашей стране.

Главными причинами системного кризиса в аграрной сфере страны в этот период, на наш взгляд, являются: отсутствие (или полное забвение) научно-обоснованной аграрной политики; полный отказ от государственного регулирования экономических отношений между отраслями экономики; поспешность открытия внешнего рынка продовольствия без какой-либо защиты отечественных товаропроизводителей; дезинтеграция агропромышленного производства и разрушение на этой основе системы взаимных межотраслевых экономических интересов; наивная и в то же время губительная ориентация на ликвидацию и разрушительное растаскивание крупных сельскохозяйственных предприятий; коммерциализация кредитных учреждений, влекущая за собой введение грабительских процентных ставок; либерализация цен на энергоносители и другие важнейшие материально-технические ресурсы; отсутствие программы существенной государственной поддержки (и экономической, и политической) как сохранившимся, так и вновь созданным аграрным коммерческим организациям, в том числе и крестьянским (фермерским) хозяйствам.

1996–2000 гг. – этап реализации Федеральной целевой программы развития К(Ф)Х и кооперативов, направленной на обеспечение устойчивого развития и повышения эффективности фермерского сектора, усиления социальной защиты крестьянства в условиях рыночных отношений. С 1999 г. прослеживается тенденция к сокращению их количества. При этом вновь создаваемых хозяйственных единиц стало меньше по сравнению с прекратившими свою деятельность. Так, согласно данным Всероссийской сельскохозяйственной переписи 2006 г., за 1990–2006 гг. прекратили заниматься сельскохозяйственной деятельностью 40,1 % хозяйств, а 8,2 % – приостановили ее. Наибольшее количество хозяйств, отказавшихся от сельскохозяйственной деятельности, зафиксировано в Северо-Западном федеральном округе – их доля составляет 75 % общей численности хозяйств данной категории.

современный этап – рост роли малых форм в аграрном секторе экономики страны. Это этап так называемой стабилизации по численности, рост обрабатываемых земельных площадей и объемов производимой агропродукции, растет удельный вес их продукции в общем объеме производимого в стране продовольствия. Наблюдается заметное расслоение хозяйств по главному признаку – количеству обрабатываемой земли (от нескольких гектаров до нескольких тысяч гектаров).

С 2006 года в ходе реализации приоритетного национального проекта «Развитие АПК», в котором в качестве базовых приоритетов был выделен приоритет развития малых форм хозяйствования на селе со значительной государственной поддержкой, сельское хозяйство получило в виде национального проекта новый инструмент управления, позволяющий сконцентрировать ресурсы государства, бизнеса и общества на наиболее значимых для него направлениях, в том числе на дальнейшем развитии малых форм хозяйствования в агропромышленном комплексе.