Касаясь организации урока, С.Т. Шацкий указывает, что большое значение имеют вопросы правильного распределения времени в течение урока: как его начать, сколько времени следует тратить на инструктивную часть, чтобы ее не слишком затягивать; как организовать самостоятельную работу, чтобы все ученики могли проработать предлагаемый им материал; и главное, как при этом определить меру трудности задания, посильную для преодоления. Из этого вытекает, что на каждом уроке новые знания, излагаемые учителем, должны базироваться на прочном фундаменте ранее накопленного опыта.

В дальнейшем С.Т. Шацкий ставит принципиальный вопрос: при разработке и создании дидактического материала необходимо исходить из представления о новой школе как школе общественной жизни, которая должна организовывать активную деятельность детей, разнообразные виды самостоятельной работы. При этом он подчеркивал, что идея конструирования, т. е. привлечение школьников к самостоятельной сборке различных приборов, должна стать руководящим принципом, лежащим в основе дидактического материала для школы.

По мысли С.Т. Шацкого, важной дидактической функцией учета является возбуждение у воспитанников интереса к работе. Учет показывает ребенку собственное продвижение вперед в овладении знаниями, умениями и навыками; помогает оценивать работу, а не личность ученика. В школах Первой опытной станции велись поиски разнообразных форм текущего, квартального и годичного учета. Смысл педагогического учета, по Шацкому, состоит в том, чтобы он помогал школьникам трудиться, вырабатывал у них желание подвергнуться проверке, обнаружить и устранить затруднения, которые возникли в ходе учебных занятий. И оценивать надо проделанную работу, а не личность ученика, проявлять при этом максимум внимания и доброжелательности к растущему человеку. Большим успехом, в частности, пользовались отчетные выступления детей перед родителями. Воспитанники демонстрировали свои достижения в чтении, в решении задач и примеров, в декламации стихотворений, пении и т. д. На отчетных выставках родители рассматривали работы детей – тетради, рисунки, поделки и т. п.

С.Т. Шацкий постоянно искал пути развития новой школы. В центре его внимания находился ребенок с его интересами и потребностями, с огромной жаждой деятельности. Даже в период господства механистических схем объяснения поведения ребенка (рефлексология, реактология и т. д.) Станислав Теофилович рассматривал воспитание как организацию разнообразных деятельностей ребенка, подчеркивал активный характер усвоения социально-культурного опыта. В отличие от сторонников свободного воспитания он исследовал опыт ребенка как продукт социальных условий, зоны ближайшего окружения. При этом подчеркивал, что именно школа является главным определяющим фактором в развитии интеллекта, культуры, воли и эмоций детей.

По мнению С.Т. Шацкого, новую школу нужно строить на научном фундаменте, опираясь на научно-технический и социальный прогресс. Он впервые сформулировал идею о необходимости органически увязать практическую работу учителя в школе с исследовательской работой на курсах повышения квалификации и в местном исследовательском институте. Эта прогрессивная идея получила дальнейшее развитие в практике Первой опытной станции по народному образованию и нашла более подробное освещение в статьях «Школа для детей или дети для школы», «Курсы как организующая сила в педагогическом деле», «Острые вопросы педагогического образования» и др.

С.Т. Шацкий также придавал большое значение тому, чтобы дети ясно представляли себе цель обучения, значение получаемых знаний для участия в окружающей взрослой жизни. Очень важно, по его мнению, всемерно развивать у учащихся интерес к учению, так как ребенок по натуре своей исследователь. Интерес к занятиям возрастает, прежде всего, если они посильны для учащихся, однако в дальнейшем он может снизиться и даже погаснуть, если его не поддерживать. Он вывел такую закономерность: ученики в процессе работы тратят свои силы, но в том-то и сущность учения, что чем больше они тратят сил, тем больше их приобретают. Для высокой эффективности учебного процесса нужна научная организация труда школьников, и ученик должен иметь возможность обращаться к учителю в случае затруднения, что вызывает необходимость рационального сочетания фронтальной, групповой и индивидуальной работ.