Сопротивление, которое Иерофей постоянно оказывал делу учреждения патриаршества в Москве, его нежелание подписать уложенную грамоту уже ясно должно было показать русским, что поставление Московского патриарха, совершенное одним только Иеремиею, как его только личное дело, может встретить на Востоке сильное сопротивление и неодобрение со стороны других представителей Греческой Церкви. Иеремия мог лично желать перенесения кафедры Константинопольского патриарха в Москву, мог находить вполне законным и справедливым желание русских иметь своего патриарха в Москве, мог находить, что русские в благочестии превосходят все прежние и современные православные народы; но он не имел права на основании своих только личных взглядов, единолично, без совета и согласия других восточных иерархов учреждать в России патриаршество. По словам хронографа Иерофея, Иеремия наконец сам сознал незаконность своих действий [С. 51] в Москве; когда ему предложили посвятить в Московские патриархи из русских, то, говорит Иерофей, Иеремия заговорил другое, что он не уполномочен епископами и что это было бы беззаконно. Но наконец «и нехотя» рукоположил в России патриарха. Богатая милостыня изгладила у Иеремии всякое чувство неудовольствия на русское правительство, а чаяние новых щедрых дач побудило его немедленно по прибытии в Константинополь оформить дело учреждения в России патриаршества – признать его законным со стороны Собора всех восточных иерархов. Но понятно, что Иеремия, говоривший в Москве, что здесь должен быть устроен престол Вселенского патриарха, в Константинополе, среди иерархов-греков, не мог и заикнуться о каких-либо преимуществах для Московского патриарха, особенно же за счет положения патриархов других кафедр, на что, однако, твердо рассчитывали русские. Константинопольский Собор 1590 г. признал законность учреждения Иеремиею в Москве патриаршества, но предоставил Московскому патриарху только пятое место в ряду других восточных патриархов.

Несмотря на то что Московскому патриарху назначено было только последнее место в ряду других восточных патриархов, против действий Иеремии в Москве и против определений Константинопольского Собора раздались на Востоке очень сильные и влиятельные голоса, игнорировать которые было невозможно. Мелетий Пигас, не присутствовавший на Соборе 1590 года, сделавшись, после Сильвестра, Александрийским патриархом, открыто и резко восстал против законности и правильности единоличного посвящения Иеремиею Московского патриарха и против правильности Собора 1590 года, как не выражающего голоса всей Восточной Церкви. «Я очень хорошо знаю, – писал он Иеремии, – что ты погрешил возведением Московской митрополии на степень патриаршества, потому что тебе небезызвестно (если только новый Рим не научился следовать древнему), что в этом деле не властен один патриарх, но властен только Собор, и притом Вселенский Собор; так установлены все доныне существующие патриархии. Поэтому Ваше Святейшество должно было получить [С. 52] единодушное согласие остальной братии, так как согласно постановлению отцов Третьего Собора всем надлежит знать и определять то, что следует делать всякий раз, когда рассматривается вопрос общий. Известно, что патриарший престол не подчиняется никому иному, как только Кафолической Церкви, с которою он соединен и связан исповеданием единой и неизменяемой православной веры. Я знаю, что ты будешь поступать согласно этим началам и то, что ты сделал по принуждению, по размышлении уничтожишь словесно и письменно. Но так как наши слова не приводят тебя пока ни к чему доброму, а только к смущению, гневу и их последствиям, то я избавляю Ваше Святейшество от моих упреков и самого себя от хлопот и молю Бога быть милостивым к вам во всем на будущее время». Таким образом, один из известнейших и ученейших восточных патриархов открыто восстал против законности учреждения Иеремиею Русского Патриархата, как сделанного им единолично, без согласия и одобрения других восточных иерархов, на что Иеремия решительно не имел никакого права и поступил в этом случае в духе Ветхого Рима. Но этого мало: Мелетий прямо заявляет, что Иеремия так поступил только по принуждению, и выражает уверенность, что Иеремия, поразмыслив, сделанное им по принуждению уничтожит и словесно, и письменно. Голос Мелетия, человека в высшей степени ученого, строгого канониста и притом очень влиятельного на Востоке, серьезно грозил уничтожить сделанное Иеремиею в Москве, тем более что Пигас мог найти себе сильную поддержку в среде других греческих иерархов, которые подобно Иерофею Монемвасийскому очень неодобрительно смотрели на учреждение русского патриаршества, видели в этом унижение Греческой Церкви, дело хитрости и насилия со стороны русских и в своем противодействии могли опираться на твердую каноническую почву