Афонской в XVI–XVIII столетиях», «Следственное дело об Арсении-греке и ссылка его в Соловецкий монастырь», из которых первые две включены в данное издание.

В 1883 г. по представлению помощника ректора Академии профессора Н.И. Субботина Н.Ф. Каптерев переводится на должность экстраординарного профессора и в этом же году приступает к напечатанию в «Чтениях Общества любителей духовного просвещения» (1883–1884) своего труда, основанного на архивных изысканиях, под названием «Характер отношений России к православному Востоку в XVI и XVII столетиях». Печатание третьей главы этого труда «Перенесение в Москву святыни с Востока» было временно приостановлено цензурой на том основании, что она дискредитирует святыни, хранящиеся в московских церквях и монастырях, однако вскоре вновь возобновляется по приказу митрополита Московского Иоанникия как труд, целиком основывающийся на данных архивных документов.

Таким образом, в 1885 г. вышло первое издание этого монументального исследования, по сию пору непревзойденного в отечественной науке по степени охвата и проработки материала. В этом своем первом крупном научном труде Каптерев по-новому рассмотрел причины и ход церковных реформ царя Алексея Михайловича и патриарха Никона. Его выводы о причинах возникновении раскола Русской Церкви существенно отличались от оценок этого сложного периода нашей истории, сделанных всеми предшествующими поколениями отечественных исследователей. В том же 1885 г., 15 февраля, книга была представлена Совету Академии в качестве диссертации на соискание степени доктора церковной истории. В присуждении искомой степени было отказано на основании резких возражений профессора Н.И. Субботина, издавшего очень важные для понимания истории старообрядчества «Материалы для истории раскола за первое время его существования». В девяти томах «Материалов», а затем в возглавляемом им периодическом издании «Братское Слово», в бесчисленных изданиях старообрядческих источников и в своих монографиях Н.И. Субботин собрал бесконечное количество документов, писем, биографий и «житий», полемических трактатов и исторических работ, написанных самими раскольниками. Субботин, таким образом, требовал изменить ту часть работы, где Каптерев делает критические замечания по поводу реформ Никона. Дело в том, что Николаю Федоровичу удалось обнаружить материалы, уличающие главного справщика русских церковных книг Арсения-грека в том, что он действительно изменял Православию, будучи одно время иезуитом, а затем и вовсе приняв ислам. Субботин же, основываясь на общепринятом тогда мнении, полагал, что в этих преступлениях Арсений был обвинен ложно.

Данное место работы Каптерева было, таким образом, перепечатано в нескольких экземплярах книги, вновь поданной на рассмотрение Совета 6 августа 1885 г. Одиннадцатого октября Совет Академии, заслушав отзыв на исследования Н.Ф. Каптерева, зачитанный профессором Голубинским, постановил присудить соискателю искомую степень. Постановление Совета Академии ушло на утверждение в Святейший Синод, где ему не давали хода в течение трех лет, а затем, после смещения ректора Академии С.К. Смирнова и замены его ей. Христофором, последовало отрицательное решение относительно присуждения докторской степени Каптереву. Его вынес сам обер-прокурор Св. Синода К.П. Победоносцев на том основании, что автор непочтительно отзывается о матери Церкви Русской Греческой Православной Церкви. Суждение Победоносцева, вероятно, подсказанное ему противником Каптерева Субботиным, было не вполне правильным по форме выражения, ибо Каптерев нигде открыто не порицал Греческую Церковь как таковую, однако верным по сути, поскольку его работа (а также и последующие) содержит большое количество негативного материала о многих представителях греческого духовенства, что в целом создает у читателя весьма неблагоприятную и не вполне адекватную картину состояния Греческой Церкви вообще. Определение Синода основывалось на том, что Н.Ф. Каптерев в своем исследовании опирался на случайные и искусственно подобранные факты и сделал несостоятельные выводы и заключения, непочтительно отозвался о Греческой Церкви и ее иерархах, а также дал основание раскольникам-старообрядцам найти оправдание их ложным взглядам. Этому решению предшествовала борьба внутри Академии между теми, кто поддерживал Н.Ф. Каптерева и кто стоял на стороне Н.И. Субботина, причем последний действовал не научными методами, доказывая свою правоту, а путем интриг и апелляции к начальству. В результате профессор-протоиерей С.К. Смирнов, поддерживавший Н.Ф. Каптерева, был смещен с поста ректора Академии, а на его место был назначен Волоколамский епископ Христофор (Смирнов), «нанесший ей большой урон, особенно нравственной обстановке. Несомненно, это событие отразилось и на судьбе докторской диссертации Н.Ф. Каптерева»