Все это вызвало негативную реакцию со стороны православных, и к середине 90‑х Ю. Спиридонов переориентировался и начал активно лоббировать создание самостоятельной коми епархии. При этом он взял под контроль будущее идеологическое развитие епархии, выдвинув на пост епископа не интеллигента о. Трифона, не национально озабоченного о. Андрея, а строителя о. Питирима. Епископ Питирим как монах-строитель устраивал консервативное крыло епархии, а как антикоммунист и член общества «Мемориал» – либеральное. Спиридонов лично присутствовал в Москве на хиротонии Питирима и вскоре был награжден орденами Сергия Преподобного и Дмитрия Угличского. Строительство баптистского молитвенного дома Христа Спасителя резко затормозилось. В 1996 году в Сыктывкаре был заложен Стефановский собор и создан «Республиканский благотворительный фонд Стефана Пермского при главе республики Коми» для сбора средств. У баптистов начались неприятности: контрольные органы заинтересовались их связями с финансовыми и промышленными группами. Два раза против общины прокуратурой возбуждались уголовные дела.

Остерегаясь влияния коми в епархии, Питирим отправил в заштат о. Андрея Паршукова, чем вызвал негодование как в среде верующих коми, так и в среде коми атеистов. Особенно по этому поводу негодовала национальная политическая организация «Доръям асьнымос» («Защитим себя»), которую возглавляет Н. А. Митюшева. Питирим причислил «Защитим себя» к экстремистским организациям фашистского толка. В газете «Доръям асьнымос» ставился вопрос о передаче власти в республике представителям коми народа с сохранением для русских всех общегражданских прав, кроме права избираться на высшие руководящие посты. Эту идею высказывал крупный коми евангельский проповедник Василий Иванович Попов, скончавшийся в начале 90‑х. Бывший член баптистской общины, Василий Попов в 60‑е годы под влиянием немцев‑лютеран, сосланных в Коми, основал национальную «Коми христианскую церковь Евангельской веры». Подпольно переводил на коми язык Библию и издал этот перевод в 1979 в Финляндии. Попов пытался ввести в церковный строй «национальные» черты: язык, народные духовные песни, облачение (носил рясу и крест). После его смерти община перешла сыновьям. Они поддерживают отношения с финскими лютеранами и американскими методистами. Считают, что Коми христианская церковь несет ответственность за все происходящее с коми народом.

Еще при жизни Василия Попова Коми христианская церковь начала сотрудничать с партией «Защитим себя», члены которой тяготели к национальному язычеству. Василий пытался христианизировать это движение и на его активности создать национальную баптистскую церковь. Василий Попов пользовался среди коми интеллигенции авторитетом не меньшим, чем кандидат богословия православный священник Андрей Паршуков, стремившийся организовать коми православное движение.

Однако коми националисты, в целом поддерживавшие и Попова, и Паршукова, пошли совсем иным, неожиданным путем. Они долго колебались между язычеством и христианством, устраивали диспуты и «круглые столы», выбирали наиболее подходящую веру для своего народа. От язычества отказались как от культуры утраченной и практически неживой и обратились к религии своих братьев угро-финнов – лютеранству. Это произошло после того, как к ним по своей инициативе приехали финский проповедник Юха Велиахо и Арво Сурво. После тридцатиминутной беседы с Арво лидер «Защитим себя» Надежда Митюшева, по ее собственному признанию приняла крещение. К 1998 году община церкви Ингрии в Сыктывкаре выросла до 100 членов. Был куплен дом и поставлен коми пастор Сергей Елфимов, родом из строгой старообрядческой семьи. В общину потянулись русские, и националистка Митюшева была вынуждена согласиться на параллельное русское богослужение. Политическое движение «Защитим себя» начало медленно трансформироваться в религиозную общину и смиряться с присутствием в ней «русского элемента».