«Как самовидцы, – писали сенаторы, – не только нетленности тела сего, как сами обонявшие благоухание, как личные свидетели повествований о его многоразличных чудес поставляем себе долгом иметь от Вашего преосвященства, десять лет управляющего епархиею, все сведения о нетленном чудотворце для доклада по нашей обязанности Государю Императору».

Преосвященный передал сенаторам письмо для государя и приложил к нему выписку о случаях чудотворений от мощей святителя, числом более ста. Государь потребовал от Синода рассмотрения дела, и уже по распоряжению Синода в Иркутск прибыл Казанский викарный архиерей Иустин. Владыка Иустин лично освидетельствовал мощи святителя, расспросил под присягой некоторых свидетелей чудотворений и вместе с епископом Вениамином 5 марта 1801 года докладывал Синоду. Доклад это содержал подробное описание освидетельствования мощей, проведенное для большей достоверности в присутствии светских лиц – губернатора Алексея Ивановича Толстого с чиновниками, городского головы купца Петра Авдеева со многими почетными гражданами. Все участники освидетельствования подтвердили действительную сохранность останков святителя. Гроб и облачение святителя были также в совершенном нетлении.

Донесение епископов Вениамина и Иустина ввело Святейший Синод в глубокую задумчивость. Спустя два года Синод направил владыке Вениамину запрос о том, не наблюдаются ли изменения в теле святителя Иннокентия и не было ли за это время достопамятных событий.

Преосвященный Вениамин отвечал, что перемен в состоянии мощей по-прежнему не наблюдается, всенародное почитание святейшего продолжается и ширится, что сам он, епископ Вениамин, «убежден совестью признавать ходатайство святого Иннокентия у милосердия Божия уважаемым». Но и это письмо не возымело действия. Синод безмолвствовал еще год. Наконец к первенствующему члену Синода митрополиту Амвросию и к обер-прокурору Голицыну было направлено представление от генерал-губернатора Сибири Селифонтова, в котором он, лично свидетельствуя нетленность мощей святителя, выразил свое и всей Сибири настояние об открытии нетленных мощей.

Дальше тянуть было невозможно, и в первый день декабря 1804 года Святейший Синод с Высочайшего соизволения объявил: тело первого епископа Иркутского Иннокентия огласить за совершенно святые мощи и с подобающим благоговением Иркутскому епископу Вениамину с прочим духовенством поставить в церкви Иркутского Вознесенского монастыря наверху, либо в другом достойном месте, с установлением празднования ему 26 ноября [8], на день памяти преставления сего святителя. Впредь отправлять всенощные бдения и молебные пения святителю и в церковные книги внести необходимые дополнения: «Ноября 26 числа память преставления Святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского, Чудотворца».

Вожделенное известие об открытии мощей святителя Иннокентия в Иркутске было получено 19 января 1805 года. В ближайшее же воскресение, буквально через два дня, всенародно был отслужен благодарственный молебен. После этого началось приготовление к чрезвычайному торжеству.

2 февраля, на Сретение Господне, преосвященный Вениамин принял святые мощи из склепа, поставил их посреди Тихвинской церкви и отслужил перед ними Божественную литургию. Через неделю, 9 февраля, мощи святителя при величайшем стечении народа торжественно, с крестным ходом и преднесением чудотворной иконы Казанской Божией Матери, были перенесены из Тихвинской церкви в соборную Вознесенскую.

Здесь мощи почивали пятьдесят пять лет, до времени, пока не потребовалось разбирать Вознесенскую церковь из-за ветхости. Двенадцать лет пролежали они в Успенском храме Вознесенского монастыря и 15 октября 1872 года были возвращены под своды вновь отстроенного на старом месте благолепного храма Вознесения Господня.