В 1573 году Матвей был посвящен в иеромонаха и принял имя Матфей. Он приступил к обустройству новой пустыни. Монастырь был назван в честь Святителя Николая Чудотворца и получил название Чернеевский, так как находился в глухом чернолесье. Наряду с Матфеевой пустынью, так его называли в народе и записках до начала XIX века, казаки активно участвовали в жизни обители. Монастырь был основан как приют для увечных казаков, которые сюда стекались для лечения и отдыха. Разбогатевшие в походах донские удальцы щедро жертвовали средства на строительство пустыни.

Важную роль в развитии монастыря сыграл атаман Осип Петров, под чьим руководством казаки отбили Азов и удерживали его несколько лет. Для казаков взятие Азова было освобождением их христианской земли от турок-магометан и восстановлением справедливости и порядка.

В 1637 году, после победы над турками, донские казаки переплавили несколько пушек и отправили 117 пудов меди в свои монастыри, включая и Чернеевский. Казаки не жалели ресурсов вложить их в свои монастыри, чтобы подчеркнуть свою веру. Серебро, золото, жемчуг и драгоценные камни, которые блистали в ризницах и на иконостасе, свидетельствовали о глубокой вере донских казаков.

В 2010 году, в Никольском соборе монастыря, состоялась торжественная церемония передачи иконы Донской Божией Матери. Шацкие казаки обратились к атаману Всевеликого войска Донского В.Водолацкому и попросили прислать сюда святой образ. 1 сентября, в день празднества Донской иконы Божией Матери, шацкие казаки традиционно участвуют в молебне в честь святыни. Казаки из Рязани и других районов области также принимают участие в этом событии. Они разбивают лагерь на берегу Цны и проводят посвящение в казаки, участвуют в монастырской службе и принимают присягу.

Таким образом, история Чернеевского монастыря тесно связана с историей донского казачества. Казаки не только строили пустынь, но и щедро жертвовали средства на ее развитие. Они видели монастырь как убежище для увечных в боях и защиту своей веры. И до сегодняшнего дня Чернеевский монастырь остается важным историческим и религиозным центром, являющимся свидетельством славной и уникальной истории казачества.

3. Казачья Лавра.

Изначально история казачества начинается задолго до возникновения Свято-Михайловского Афонского мужского монастыря и его основателя, о. Мартирия. Казаки были военной составляющей восточнославянского народа, которая сформировалась в результате российско-турецкой войны в 16 веке. Их главной задачей было охранять границы Российского государства, отражать нападения врагов, а также выполнять различные специальные задачи по противодействию неприятелю.

Свято-Михайловский Афонский мужской монастырь, основанный о. Мартирием, стал одним из значимых мест для духовной радости русского казачества. Он уделял особое внимание возрождению традиций старчества, которые являлись важной составляющей в жизни казаков. Старцы монастыря строили кельи на горе Шахан, где много молились и трудились. Они также вырыли подземные ходы, келии и храм, что свидетельствует о мощном духовном и трудовом потенциале монастыря.

В августе 1883 года Святейший Синод признал самостоятельное существование обители и настоятеля о. Мартирия. К тому моменту в монастыре уже было две церкви, несколько капитальных зданий, баня, келейные корпуса и гостиницы для паломников. Монастырь развивался и возрождался благодаря усилиям о. Мартирия и его братии.

Постепенно в монастыре были возведены пять храмов: в честь Архистратига Михаила, преподобного Александра, Успения Пресвятой Богородицы, Преображения Господня и Святой Троицы. Особую известность получил Успенский храм, который мог вместить более 1000 молящихся. Преображенский храм, расположенный на горе Физиабго, также был величественным сооружением и мог вместить до 600 человек.