Через несколько лет, 6(16) января 1598 г., царь Федор Иванович скончался, и тем самым пресеклась ветвь Рюриковичей, занимавшая московский престол. Вначале бояре, опасаясь междуцарствия, решились принести присягу его жене. Но самостоятельное царствование Ирины с самого начала оказалось неудачным, и уже через неделю после смерти мужа она объявила о своем желании постричься в московском Новодевичьем монастыре под именем Александра. Был спешно собран Земский собор, который 17(27) февраля 1598 г. провозгласил царем ее брата Бориса Годунова. Восшествие на престол сопровождалось рядом различных интриг, и только через несколько месяцев он смог венчаться 3(13) сентября 1598 г. в Успенском соборе Московского Кремля.

Первые годы царствования Бориса Годунова были вполне благополучными. Но затем начались трудности. Вновь обострился конфликт царя с боярами, в первую очередь с Романовыми, считавшими, что у них больше прав на престол, чем у Бориса Годунова. Главу рода Романовых, Федора Никитича, насильно постригли в монахи и вместе с другими родичами сослали в дальние монастыри, тем самым лишив возможности в будущем претендовать на трон. И хотя Борису Годунову удалось на этот раз победить своих соперников, данный конфликт показал всю непрочность его положения.

Все это усугубилось природными аномалиями. В 1601 г. из-за неурожаев в северных и центральных районах в стране начался сильный голод, продолжавшийся три года, в результате чего погибла масса людей. Некоторые современники пытались определить общее число жертв голода. На севере умерло до двух третей жителей. На юге ситуация была несколько лучше, но и здесь погибло до трети всего населения. Более точные подсчеты имеются только по Москве. По свидетельству очевидцев, в ней за два с половиной года скончалось более 120 тыс. человек.

В условиях массового голода цены на хлеб выросли в 25 раз. Царь пытался организовать государственные работы и продажу хлеба по низким ценам, чтобы поддержать голодающих, но эти меры из-за размаха бедствия не дали необходимых результатов. Многие бояре и служилые люди отпустили своих холопов, чтобы не кормить их. Значительная их часть бежала на юг в надежде прокормиться. В других районах страны вспыхивали голодные бунты. Их кульминацией стало восстание под руководством атамана Хлопка. Летом 1603 г. оно охватило значительную территорию вокруг Москвы, а восставшие стали объединяться в крупные отряды. В непосредственной близости от столицы 9(19) сентября 1603 г. основные силы повстанцев с трудом были разбиты воеводой И.Ф. Басмановым, причем последний был убит в бою. Хлопко был взят в плен и казнен.

Несмотря на подавление восстания, положение в стране продолжало ухудшаться. Крестьянские волнения не прекращались, а бегство в южные и юго-западные районы только усиливалось. Борьба вступила в новый этап, который был связан с появлением первого самозванца, принявшего имя младенца, погибшего в Угличе.

Им стал Григорий Отрепьев. О его происхождении современниками было выдвинуто множество предположений. По официальной версии московского правительства, он происходил из галичских детей боярских, в молодости постригся в монахи, иночествовал в разных обителях и затем оказался в Москве в кремлевском Чудове монастыре, где провел почти год, был поставлен в дьяконы, а затем взят патриархом Иовом «к книжному письму». Здесь его заинтересовали подробности гибели в Угличе царевича Дмитрия, и, по доносам иноков, он в разговорах с ними в шутку хвалился, что будет царем на Москве. Отрепьева решено было сослать на Соловки. Но он заранее узнал о готовящемся аресте и сначала бежал в Галич, в Железноборский монастырь, откуда ушел в муромский Борисоглебский монастырь.