В июне 2001 года в Сомалиленде была принята конституция, закрепляющая независимость страны от Переходного федерального правительства и режима, пришедшего к власти в Пунтленде.

С самого начала 2000-х годов во многих районах страны, независимо от того, под чьим фактическим контролем они находились, шел процесс создания и внедрения шариатских судов в еще только зарождающуюся судебную систему, не отвечавшую минимальным стандартам правосудия и не обладавшую ни реальной компетенцией, ни необходимой квалификацией. В этих условиях ничем не ограниченные шариатские суды свободно и весьма часто выносили смертные приговоры, которые немедленно приводились в исполнение. Гражданские суды более или менее регулярно действовали лишь в Сомалиленде. В Пунтленде, как и на всей остальной части страны, шариатские суды продолжали выносить смертные приговоры, а также решения об ампутации конечностей у осужденных.[144]

В 2003 году в центральной и южной части Сомали по-прежнему шли вооруженные столкновения между различными группировками; тысячи людей бежали от войны и преступлений, от многочисленных случаев похищения людей и реальной угрозы жизни (в июле – только за один месяц – было убито 530 человек и 185 были похищены).

В августе 2003 года Переходное национальное правительство продлило срок своих трехлетних полномочий. Единственным мирным регионом бывшей Республики Сомали, где сохранялись правительство, демократические институты и правовая система, был самопровозглашенный Сомалиленд. В апреле здесь прошли многопартийные выборы президента; республика продолжала добиваться международного признания, отказываясь рассматривать вопрос о вхождении в состав федерального государства. Её отношения с Пунтлендом оставались крайне напряженными из-за того, что обе стороны претендовали на восточные районы страны, сильно пострадавшие от засухи и нехватки продовольствия.

Угроза региональной и мировой безопасности, вызванная 12-летним распадом государства и бесконечными вооруженными столкновениями различных группировок на юге страны, вынудила Совет Безопасности ООН призвать все стороны конфликта срочно сосредоточиться на мирных переговорах, прекратить насилие и нарушения прав человека, а также участие детей в боевых действиях, которое практиковали и федеральное правительство, и все группировки.

Понятно, что в таких условиях во всей южной части страны не могло существовать сколь-либо действенной системы отправления правосудия, которая могла бы установить власть закона и обеспечить защиту прав и интересов людей; федеральные власти и лидеры вооруженных группировок отказывались защищать население. Многочисленные преступления, совершаемые членами разных вооруженных формирований, оставались безнаказанными. В нескольких районах юга страны на местном уровне продолжали действовать шариатские суды, решения которых не имели ничего общего со стандартами справедливости. Клановые группировки и суды защищали лишь членов своего клана, оставляя невооруженных жителей общин (особенно меньшинств) без защиты.

В 2004 году длившиеся два года переговоры в Кении привели к установлению нового федерального правительства. В соглашение по пятилетнему периоду (Хартию) вошли даже гарантии соблюдения прав человека, однако в реальной жизни о действии таких гарантий говорить не приходилось. Тысячи граждан покинули страну или стали вынужденными переселенцами. На юге страны законы по-прежнему не действовали, насилие над женщинами принимало все более крупные масштабы.[145] Сомалиленд и Пунтленд продолжали периодические бои за пограничные восточные территории.