Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;

Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;

Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;

Юго-Западного фронта – бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;

Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;

Западного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.

В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны, с укомплектованием этих частей из войск НКВД[10].

В августе – декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления особых отделов появились еще два заместителя – дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.

Всего в августе 1941 года по штатам Управления особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек[11].

После передачи в январе 1942 года 3-го управления НК ВМФ в состав УОО был организован 9-й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид:

Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).

Секретариат (Яков Михайлович Броверман).

Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).

Следственная часть (Борис Семенович Павловский):

1-е отделение (по шпионажу);

2-е отделение (антисоветские формирования);

3-е отделение (по руководству следственной работой на периферии).

1-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):

1-е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);

2-е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);

3-е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).

2-й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):

1-е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);

2-е отделение (вооружение и тыл ВВС);

3-е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);

4-е отделение (ПВО);

5-е отделение (воздушно-десантные войска).

3-й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):

1-е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);

2-е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);

3-е отделение (ГАУ Красной Армии).

4-й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):