В начале июля 1941 года начальник 3‑го управления НКО Анатолий Николаевич Михеев приказом наркома обороны Семена Константиновича Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых 3‑х отделов[6]^>[.

Приказом НКО СССР и НКВМФ СССР от 13 июля 1941 года[7] было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции», в котором определены структура, права и обязанности подразделений военной цензуры, методика и техника обработки корреспонденции, а также приведен перечень сведений, являющихся основанием для конфискации отправлений, и в соответствии с которыми сформированы при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и военно-почтовых станциях отделения военной цензуры, на укомплектование которых направлены 900 контролеров, переданные 4‑м отделом НКГБ СССР (из них для 3‑го Управления НКО СССР – 650 контролеров и для 3‑го Управления НКВМФ СССР – 250 контролеров).

В системе 3‑х управлений НКО и НК ВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).

Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2‑го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.

Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3‑и отделы были организованы при Ставках Главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.

Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным Иосифом Сталиным, органы 3‑го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы, а само Управление НКО получило наименование «Управление Особых отделов с передачей в НКВД СССР»[8].

Главной задачей Особых отделов согласно постановлению ГКО от 17 июля 1941 года стала «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе».

Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов Родины»[9].

19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.

Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3‑го (секретно-политического) Управления НКГБ комиссар 3‑го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 20‑е годы). Были назначены начальники Особых отделов:

Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3‑го ранга Павел Тихонович Куприн;

Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал‑майор Виктор Михайлович Бочков;