Потери личного состава убитыми, пропавшими без вести и ранеными составили 26 % к числу сотрудников[35].

Хотя погибали военные контрразведчики не только на передовой, но и в первые месяцы войны во время эвакуации. Так, 28 августа 1941 года личный состав Особого отдела Таллинского военного гарнизона должен был эвакуироваться из уже частично захваченного немцами Таллина на плавмастерской «Серп и Молот». Судну удалось под непрерывными авианалетами и артобстрелами противника пройти часть пути, а потом оно начало стремительно тонуть. Большая часть сотрудников погибла. Остальным удалось добраться до Ленинграда[36].

Уже в первые месяцы войны резко возросла потребность в военных контрразведчиках. Для решения этой задачи при Высшей школе НКВД СССР 26 июля 1941 года были организованы Курсы подготовки оперативных работников для Особых отделов (приказ НКВД № 00960 от 23 июля 1941 года)[37]. Планировалось набрать 650 человек и обучать их в течение одного месяца. Начальником курсов был назначен по совместительству начальник Высшей школы НКВД комбриг (в приказе он проходит в этом звании, отмененном уже в 1940 году) Никанор Карпович Давыдов. Во время учебы первым слушателям курсов пришлось строить оборонительные сооружения, ловить под Москвой немецких парашютистов.

С 11 августа 1941 года эти курсы были переведены на трехмесячную программу обучения. В сентябре 1941 года 300 выпускников Высшей школы было направлено в подразделения военной контрразведки.

Приказом начальника Высшей школы 28 октября 1941 года в Особый отдел Московского военного округа было направлено 238 выпускников курсов. Последняя группа выпускников курсов в количестве 194 человек была направлена в распоряжение НКВД в декабре 1941 года. Затем Высшая школа была расформирована, потом вновь создана.

В марте 1942 года в Москве был организован филиал Высшей школы НКВД. Там предполагалось обучить 500 человек в течение четырех месяцев. Первый набор был произведен из резерва работников Особого отдела НКВД Московского военного округа. В составе Высшей школы этот филиал находился до июля 1943 года, затем был передан в ГУКР «Смерш» НКО СССР. Всего за время войны курсы окончили 2417 чекистов, направленных в армию и на флот[38].

Одновременно шла подготовка кадров для Особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение Особого отдела Сталинградского фронта. А всего за время Великой Отечественной войны Высшей школой для Особых отделов было подготовлено 1943 человека[39]. По другим данным – 2417[40].

Кадры для военной контрразведки готовили не только в Москве, но и в регионах. Так, в первые недели войны 3‑ми отделами военных округов на базе межкраевых школ НКГБ были созданы краткосрочные курсы для подготовки оперативного состава.

В качестве примера расскажем о том, что происходило в Новосибирской межкраевой школе. 1 июля 1941 года был произведен первый набор – 306 курсантов – командиров и политработников Красной Армии. Учебным планом предусматривалось чтение лекций и проведение практических занятий, главным образом по подбору агентуры, работе по первичным сигналам, делам оперативного учета и отработке основных чекистских документов. В конце июля 1941 года произошел первый выпуск Краткосрочных курсов при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа. Именно так теперь официально именовались эти курсы.

Второй набор (500 человек, возраст 18–20 лет) на курсы был закончен 29 июля 1941 года. Срок обучения был увеличен до двух месяцев. Все выпускники после окончания обучения были направлены в действующую армию.