Когда по его молитве начали совершаться чудеса, праведный Иоанн воспринял это не как повод для гордости, а как новый тяжелый крест служения. «Я исповедовал пред Господом свое ничтожество и греховность и просил болящим исцеления. И Господь посылал милость Свою. Из этих случаев я прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога – молиться за тех, кто будет этого просить», – говорил он. Это послушание легло на плечи праведного Иоанна грузом множества людских болезней – толпы жаждущих исцеления лишали его отдыха и сна. В горчичном зерне (Мф. 17, 20) своей крепкой веры Кронштадтский чудотворец не видел ничего особенного, считая, что быть услышанным Господом способен каждый христианин: «На молитве всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут быть делом. Все силы и чудеса совершает Дух Святой. Тем же Духом подаются иному силы, другому действия сил. Ты только говори с верою, совершение слова – не твоя забота, а Духа Святого».

Слепые прозревали, как только праведный Иоанн промывал им глаза святой водой. Он осенял страждущих крестным знамением – и вставали на ноги паралитики, обретали здравый рассудок буйнопомешанные. К нему шли телеграммы с просьбами о помощи, и, когда святой Иоанн становился на молитву, за тысячи километров от него возвращались к жизни умирающие.

Громкая слава его деяний распространялась среди богатых, вельможных, власть имущих. Блестящий молодой юнкер ради «дворянской чести» прострелил себе грудь – и был спасен молитвою Кронштадтского праведника. Красавица из придворных кругов княгиня Юсупова умирала от заражения крови – и выздоровела после совершённого святым Иоанном молебна: свидетель чуда знаменитый профессор Боткин заплакал и сказал: «Уж это не мы сделали». Кронштадтский пастырь провожал в последний путь императора Александра III Миротворца (1845–1894): держал руку на голове царя, тем смягчая его предсмертные мучения.

Потрясавшие «культурный» мир свидетельства о его чудесах насчитывались сотнями, оставшиеся неведомыми миру – десятками тысяч. Прославленный Кронштадтский пастырь с одинаковой любовью по первому зову спешил и во дворец вельможи, и в лачугу бедняка – помочь страдающему человеку. «Будь благопослушен сердцем, словом и делом во всякое время на служение другим», – призывал он и сам оставался неизменно верен этому завету. Для себя праведный Иоанн не искал ничего. Через его руки проходили миллионы рублей, жертвуемые облагодетельствованными им богачами, – он передавал эти деньги на нужды Церкви или помогал обездоленным. После кончины праведника обнаружилось, что все его земное достояние – книги и рукописи.

Очевидцы рассказывают, как протекали земные дни Кронштадтского пастыря: «День свой батюшка начинал чтением канона дневному святому за утреней. Литургию он служил ежедневно. За проскомидией приносили большую корзину с просфорами. Сослужившее духовенство подавало ему просфоры, он быстро вынимал частицы и, поминая, бросал просфоры в пустую корзину, громко молясь: “Помяни, Господи, заповедавших мне молиться”. Лицо его светилось молитвой. И этого было достаточно для исцеления. Когда приближалось время Пресуществления Святых Даров, он чувствовал приближающегося Христа, голос его дрожал, и его благодатный трепет передавался всем. После Литургии батюшка шел в созданный им приют бедняков – Дом Трудолюбия. Оттуда он ехал в Петербург посещать больных. Вернувшись вечером, он разбирал письма и телеграммы до поздней ночи».

Одухотворяемый любовью, вершил святой Иоанн подвиг служения Богу и людям, и горячо полюбил своего пастыря русский народ Божий. Но были и люди, которые бешено ненавидели дышавшего любовью праведника. Эти враги святости, возомнившие себя духовными вождями России, горделиво называли себя интеллигентами.