Конечно, подобная ситуация была ненормальной и недопустимой. Вероятно, она давно была бы решена – если бы русские правители меньше внимания уделяли собственной власти и больше – благу страны и Церкви. Но, увы, великий князь Московский Василий III был слишком озабочен отсутствием у него наследника и ради этого готов был даже пойти на разрыв с Православной Церковью, запрещающей расторжение законного венчанного брака по причине бесплодия супруги, – а потому и не был особенно заинтересован в укреплении позиций и расширении полномочий митрополита Московского и всея Руси. Родившийся же в результате наследник, Иоанн Васильевич Грозный, обуянный гордыней и жестокостью, ставил самого себя превыше всех и вся и стремился не возвысить Московского митрополита, а, напротив, подчинить Русскую Церковь своей власти, свидетельством чему являются печальные истории убийства священномучеников Германа Казанского и Филиппа Московского. Поэтому окончательно решить проблему зависимости Русской Церкви предстояло благочестивому царю Феодору Иоанновичу.

Обсуждение этой проблемы началось в 1586 году, когда на Русь прибыл с визитом Патриарх Антиохийский Иоаким VI, и достигло своего апогея в 1588 году, когда Москву посетил Патриарх Константинопольский Иеремия II. После долгих и трудных переговоров Патриарх, наконец, согласился с доводами царя, его окружения и русских иерархов о том, что Руси необходимо иметь своего Патриарха – Всероссийского. На эту высокую должность единодушно был избран смиренный Московский митрополит – святитель Иов. И вот 26 января 1589 года в Успенском соборе Московского Кремля Патриарх Иеремия и русские иерархи совершили торжественный чин возведения святителя Иова на престол Патриарха Московского. А вернувшись в Константинополь, Патриарх Иеремия созвал Собор восточных иерархов, который одобрил учреждение Патриаршества на Руси и окончательно утвердил патриаршее достоинство за предстоятелями Русской Церкви.

Патриаршее служение святитель Иов исполнял с теми же усердием, любовью и смирением, как и прежде. Он неустанно заботился об укреплении веры в своей пастве, о поднятии нравственности в среде духовенства, о духовном просвещении русского народа: при нем были отпечатаны во множестве экземпляров и широко распространены по всей Руси Священное Писание, творения святых отцов и богослужебные книги, причем в последние было внесено немало исправлений в соответствии с греческими и древнерусскими подлинниками, в тексты которых за столетия неоднократного переписывания от руки вкралось множество описок и ошибок, искажавших смысл и затруднявших понимание.

К концу XVI века Россия окончательно утвердила свое господство над сибирскими землями, и Патриарх Иов употребил немало усилий для подготовки пастырей-миссионеров, которые могли бы проповедовать веру Христову сибирским народам. Его трудами множество инородцев-иноверцев обратилось ко Христу.

Удивительно, но за многочисленными патриаршими заботами святитель Иов не оставлял и усердного иноческого делания. Занимая высокое положение, по сути равное царскому, он и в патриарших палатах оставался все тем же смиренным и нестяжательным монахом, каким был некогда в Старицком монастыре. «Постник всегда был, николиже не имея гортани своей никакого покоя ни в брашнах, ни в питии. И всегда алчбу и жажду держал волею. И гладей был, а глас его был во обличение питающимся и упивающимся… И обычая своего яко в нищете убогого иночества, тако и в величестве, и в богачестве патриаршества никак не изменил», – пишет о нем старинное житие.